ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | SHELXD | | 位相決定 | MLPHARE | | 位相決定 | 直接法 | | モデル構築 | RESOLVE | | モデル構築 | HKL-3000 | | 位相決定 | PHENIX | (phenix.refine: 1.5_2)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | 直接法 | | 位相決定 | RESOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.05→48.7 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.9 / σ(I): 0 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2468 | 1094 | 4.84 % | random |
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Rwork | 0.1918 | - | - | - |
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obs | 0.1944 | 22613 | 99.63 % | - |
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all | - | 0 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.106 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 11.8792 Å2 | 0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 11.8792 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -23.7585 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→48.7 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3006 | 0 | 97 | 0 | 3103 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 3174 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.258 | 4342 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d20.139 | 1158 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.079 | 474 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.011 | 550 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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3.0504-3.1892 | 0.4574 | 124 | 0.325 | 2712 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 3.1892-3.3573 | 0.3393 | 157 | 0.236 | 2665 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.3573-3.5676 | 0.2336 | 148 | 0.1966 | 2654 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 3.5676-3.8429 | 0.2206 | 124 | 0.1711 | 2705 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.8429-4.2294 | 0.2035 | 123 | 0.1473 | 2695 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.2294-4.841 | 0.2049 | 147 | 0.1234 | 2682 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.841-6.0973 | 0.2264 | 135 | 0.1565 | 2701 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 6.0973-48.7059 | 0.2256 | 136 | 0.1947 | 2705 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | 手法 | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | refined2.4841 | -0.421 | 0.5006 | 1.19 | 0.0384 | 3.3212 | 0.2608 | 0.0428 | -0.3763 | 0.1167 | -0.0081 | 0.2004 | 0.9043 | 0.0757 | -0.2331 | 0.5851 | -0.0457 | -0.1004 | 0.3397 | -0.0792 | 0.5045 | 36.2125 | 36.2587 | 68.0701 | 2 | | 1.2415 | 1.4151 | -0.1277 | 1.5814 | 0.4788 | 2.5298 | 0.0348 | 0.4228 | 0.0955 | -0.6237 | 0.2029 | -0.066 | 0.4783 | 1.6507 | -0.2882 | 0.6654 | 0.0031 | 0.1234 | 0.6154 | -0.1645 | 0.5116 | | | | 3 | | 2.3519 | -0.1576 | 0.6268 | -0.8227 | -0.4008 | 2.2098 | -0.101 | 0.0755 | 0.2683 | -0.1016 | -0.002 | 0.0195 | -0.1669 | 0.1435 | 0.0759 | 0.5985 | -0.0048 | -0.0142 | 0.4212 | -0.1266 | 0.5615 | | | | 4 | | 2.361 | 1.3665 | 0.4839 | 0.8305 | 0.5592 | 1.1064 | 0.5908 | -0.3751 | 0.4697 | 0.4087 | -0.7341 | 0.8 | 0.0852 | 0.2306 | 0.2315 | 0.2915 | -0.1396 | 0.0693 | 0.5582 | 0.0169 | 0.3473 | | | | |
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain B resid 174:195 |
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