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万見
- PDB-3k6h: Crystal structure of a nitroreductase family protein from Agrobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6h
タイトルCrystal structure of a nitroreductase family protein from Agrobacterium tumefaciens str. C58
要素Nitroreductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / APC5990 / nitroreductase family / Agrobacterium tumefaciens str. C58 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Putative NAD(P)H nitroreductase YdjA-like / : / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Putative NAD(P)H nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a nitroreductase family protein from Agrobacterium tumefaciens str. C58
著者: Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitroreductase family protein
B: Nitroreductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,74711
ポリマ－44,1622
非ポリマー1,5859
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area16670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.470, 127.470, 150.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Nitroreductase family protein


分子量: 22080.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: AGR_C_3200, Atu1744 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A9CIP6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-tris, 1.5M Ammonium sulphate, 1/80 trpsin, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97940, 0.97951
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月13日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.979511
反射解像度: 3.05→49 Å / Num. all: 12188 / Num. obs: 12188 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 75.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique all: 599 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.05→48.7 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.9 / σ(I): 0 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 1094 4.84 %random
Rwork0.1918 ---
obs0.1944 22613 99.63 %-
all-0 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.106 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.8792 Å20 Å2-0 Å2
2--11.8792 Å20 Å2
3----23.7585 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3006 0 97 0 3103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083174
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2584342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1391158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0504-3.18920.45741240.3252712X-RAY DIFFRACTION98
3.1892-3.35730.33931570.2362665X-RAY DIFFRACTION100
3.3573-3.56760.23361480.19662654X-RAY DIFFRACTION99
3.5676-3.84290.22061240.17112705X-RAY DIFFRACTION100
3.8429-4.22940.20351230.14732695X-RAY DIFFRACTION100
4.2294-4.8410.20491470.12342682X-RAY DIFFRACTION100
4.841-6.09730.22641350.15652701X-RAY DIFFRACTION100
6.0973-48.70590.22561360.19472705X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined2.4841-0.4210.50061.190.03843.32120.26080.0428-0.37630.1167-0.00810.20040.90430.0757-0.23310.5851-0.0457-0.10040.3397-0.07920.504536.212536.258768.0701
21.24151.4151-0.12771.58140.47882.52980.03480.42280.0955-0.62370.2029-0.0660.47831.6507-0.28820.66540.00310.12340.6154-0.16450.5116
32.3519-0.15760.6268-0.8227-0.40082.2098-0.1010.07550.2683-0.1016-0.0020.0195-0.16690.14350.07590.5985-0.0048-0.01420.4212-0.12660.5615
42.3611.36650.48390.83050.55921.10640.5908-0.37510.46970.4087-0.73410.80.08520.23060.23150.2915-0.13960.06930.55820.01690.3473
精密化 TLSグループSelection details: chain B resid 174:195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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