PDB-3k6d: Crystal structure of Xenopus laevis T-cadherin EC1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k6d

タイトル

Crystal structure of Xenopus laevis T-cadherin EC1

要素

T-cadherin

キーワード

CELL ADHESION / T-cadherin

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / adherens junction organization / catenin complex / cell-cell junction assembly / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / side of membrane / adherens junction / cell morphogenesis / beta-catenin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shapiro, L. / Ciatto, C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: T-cadherin structures reveal a novel adhesive binding mechanism
著者: Ciatto, C. / Bahna, F. / Zampieri, N. / Vansteenhouse, H.C. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Harrison, O.J. / Brasch, J. / Jin, X. / Posy, S. / Vendome, J. / Ranscht, B. / Jessell, T.M. / Honig, B. / Shapiro, L.

履歴

登録	2009年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k6d.cif.gz	33.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k6d.ent.gz	23.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k6d_validation.pdf.gz	412.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k6d_full_validation.pdf.gz	416.3 KB	表示
XML形式データ	3k6d_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	3k6d_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k5rC 3k5sC 3k6fC 3k6iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k6f-1 1lyq-2 3k6i-d 5o3s-d 2i27-1 3inc-d 5fm4-4 2bk8-d 1b64-d 2hbb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (11)

登録構造単位

A: T-cadherin

ヘテロ分子

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.910, 78.910, 62.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- ZN
2	1	A-101- HOH
3	1	A-106- HOH
4	1	A-116- HOH
5	1	A-138- HOH
6	1	A-142- HOH
7	1	A-173- HOH

#1: タンパク質	T-cadherin / LOC495024 protein 分子量: 10797.280 Da / 分子数: 1 / 断片: EC1 domain: UNP residues 136-233 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: cdh13, LOC495024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5XHE3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50mM Zn acetate, 20 % PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD 詳細: Horizontal focusing sagitally bent second mono crystal
放射	モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 17500 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→27.902 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.787 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	1736	9.93 %
R_work	0.227	-	-
obs	0.227	17486	99.88 %

溶媒の処理

B_sol: 68.29 Å² / k_sol: 0.378 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.01 Å² / B_iso mean: 31.143 Å² / B_iso min: 3.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	760	0	1	102	863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.916	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.293	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.112	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
1.8-1.819	0.273	494	X-RAY DIFFRACTION	32	90
1.819-1.839	0.262	499	X-RAY DIFFRACTION	32	90
1.839-1.86	0.239	473	X-RAY DIFFRACTION	32	90
1.86-1.882	0.236	512	X-RAY DIFFRACTION	32	90
1.882-1.905	0.246	474	X-RAY DIFFRACTION	32	91
1.905-1.929	0.249	498	X-RAY DIFFRACTION	32	90
1.929-1.954	0.227	492	X-RAY DIFFRACTION	32	90
1.954-1.981	0.213	503	X-RAY DIFFRACTION	32	90
1.981-2.01	0.252	482	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.01-2.039	0.243	485	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.039-2.071	0.232	496	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.071-2.105	0.236	497	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.105-2.142	0.247	511	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.142-2.181	0.207	473	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.181-2.222	0.23	488	X-RAY DIFFRACTION	32	91
2.222-2.268	0.227	500	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.268-2.317	0.231	483	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.317-2.371	0.226	502	X-RAY DIFFRACTION	32	91
2.371-2.43	0.216	495	X-RAY DIFFRACTION	32	91
2.43-2.496	0.246	484	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.496-2.569	0.228	492	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.569-2.652	0.238	504	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.652-2.747	0.237	493	X-RAY DIFFRACTION	32	91
2.747-2.857	0.23	495	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.857-2.987	0.273	485	X-RAY DIFFRACTION	32	90
2.987-3.144	0.223	502	X-RAY DIFFRACTION	32	90
3.144-3.341	0.218	486	X-RAY DIFFRACTION	32	91
3.341-3.598	0.202	497	X-RAY DIFFRACTION	32	89
3.598-3.959	0.203	484	X-RAY DIFFRACTION	32	90
3.959-4.53	0.173	488	X-RAY DIFFRACTION	32	89
4.53-5.699	0.2	497	X-RAY DIFFRACTION	32	90
5.699-27.902	0.238	486	X-RAY DIFFRACTION	32	88

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)