PDB-3k6a: Crystal structure of molybdenum cofactor biosynthesis protein mog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k6a

タイトル

Crystal structure of molybdenum cofactor biosynthesis protein mog from shewanella oneidensis

要素

Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN MOG / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdopterin cofactor biosynthetic process / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Chang, C. / Bigelow, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Molybdenum Cofactor Biosynthesis Protein Mog from Shewanella Oneidensis
著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2009年10月20日	ID: 2FUW
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年9月26日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k6a.cif.gz	225.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k6a.ent.gz	184.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k6a_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k6a_full_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示
XML形式データ	3k6a_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	3k6a_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2f7w-d 2qq1-2 3mcj-1 2qq1-1 3mcj-2 4xcw-2 3mci-d 2pbq-d 3o75-d 4xcw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC84718

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

C: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

D: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

E: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

F: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

ヘテロ分子

119 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

C: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

E: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

D: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

F: Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.132, 66.310, 74.332
Angle α, β, γ (deg.)	92.15, 103.64, 119.98
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Molybdenum cofactor biosynthesis protein Mog 分子量: 19900.959 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: mog, SO_0065 / プラスミド: PMCSG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) DERIVATIVE / 参照: UniProt: Q8EKM7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 893 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M K THIOCYANATE 30 % PEGMME 2000, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97956 / 波長: 0.97956 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月23日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 82328 / Num. obs: 79669 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 30.61
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 5.35 / Num. unique all: 7736 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.89→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.796 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21633	3987	5 %	RANDOM
R_work	0.17684	-	-	-
all	-	79668	-	-
obs	-	79668	96.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	-0.17 Å²	-0.15 Å²
2-	-	-0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7863	0	3	893	8759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8103
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	2.001	11026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.189	5	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.979	25.016	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.865	15	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.523	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.022	6049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.5	5234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.097	2	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.212	3	2869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.379	4.5	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	254	-
R_work	0.193	4932	-
obs	-	-	84.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0288	-0.4005	1.0112	1.3602	-0.2903	1.3582	-0.0589	0.1932	-0.0647	0.0644	0.0268	0.1116	-0.0227	0.0974	0.032	0.0662	-0.0025	-0.0007	0.0861	-0.0055	0.0305	11.6009	28.0628	63.8283
2	6.6404	0.5775	0.9479	2.0762	-0.2173	1.7251	-0.1568	-0.7531	0.7326	0.3357	0.0389	0.0907	-0.198	-0.0735	0.1179	0.1259	0.0385	-0.0166	0.0932	-0.0815	0.0815	14.7055	37.9838	74.3048
3	3.0596	-0.2462	1.0228	2.0714	-0.0003	1.9843	0.0454	0.2219	-0.0391	-0.0498	-0.0772	0.0933	-0.0569	-0.0323	0.0318	0.0809	0.0104	-0.0012	0.1084	-0.0108	0.0057	36.5313	21.4903	98.4767
4	3.9565	-0.3077	0.733	2.8029	-0.0545	1.9676	-0.0964	-0.4422	0.5699	0.3009	-0.0305	-0.011	-0.2005	-0.1893	0.1269	0.0828	0.0176	-0.0135	0.0641	-0.0676	0.0832	38.5518	31.5368	109.5704
5	2.27	-0.3115	-0.2201	1.6104	-0.188	0.9628	-0.0847	0.1854	0.0021	-0.2065	0.0408	-0.1516	0.0315	0.0205	0.0439	0.1215	-0.0307	0.0023	0.1124	0.0029	0.0264	40.2938	24.2678	61.9534
6	1.8896	0.2223	-0.2173	3.2455	0.2898	1.473	-0.0377	-0.2072	-0.1635	0.2271	-0.0019	-0.4476	0.0897	0.1861	0.0395	0.0218	0.0067	-0.0237	0.077	0.0108	0.0786	48.1564	18.0929	72.6836
7	3.2768	-0.7185	-0.7944	1.1959	-0.2156	1.8245	0.0362	0.1814	0.3169	-0.1477	-0.0166	-0.2667	0.0856	0.0448	-0.0196	0.0953	0.0004	0.023	0.0826	0.0393	0.0823	65.4916	18.1993	99.4275
8	2.1638	-0.2558	-0.5808	2.8205	-0.0974	2.995	0.0514	-0.2683	0.0525	0.1543	-0.0161	-0.313	0.2225	0.3302	-0.0353	0.0403	0.0225	-0.0284	0.0815	-0.0102	0.0453	72.082	11.5452	110.7053
9	1.2722	0.1112	-0.0545	2.5827	0.6064	1.4664	-0.009	0.0406	-0.1958	-0.1346	-0.0115	0.1942	-0.0042	-0.0024	0.0205	0.056	0.0031	0.0126	0.0277	-0.0082	0.0933	22.9919	1.2584	63.0579
10	2.8248	-1.5266	0.1208	4.9803	0.4665	1.2909	-0.1165	-0.2856	-0.3653	0.6553	0.0814	0.6478	0.1947	-0.0755	0.035	0.1082	-0.0047	0.0944	0.0394	0.0451	0.1789	14.7954	-1.8133	74.6486
11	3.7665	-1.6233	-0.0856	3.6772	0.7956	2.4467	0.2118	0.2669	-1.1128	-0.2664	-0.2317	0.7136	0.1315	0.0052	0.0199	0.0821	0.0181	-0.0784	0.0253	-0.0897	0.3493	48.2446	-4.3994	98.2455
12	3.4704	-3.477	0.6896	4.4643	0.7783	2.3701	-0.2096	-0.3212	-1.1144	0.5304	0.1954	1.234	0.4947	-0.2709	0.0142	0.2304	-0.0777	0.1523	0.0903	0.1343	0.6795	38.9288	-8.1644	108.8498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	136 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	40 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	19 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	136 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 18
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	40 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	19 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	136 - 174
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	3 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	40 - 135
15	X-RAY DIFFRACTION	8	D	19 - 39
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	136 - 174
17	X-RAY DIFFRACTION	9	E	3 - 18
18	X-RAY DIFFRACTION	9	E	40 - 135
19	X-RAY DIFFRACTION	10	E	19 - 39
20	X-RAY DIFFRACTION	10	E	136 - 173
21	X-RAY DIFFRACTION	11	F	4 - 18
22	X-RAY DIFFRACTION	11	F	40 - 135
23	X-RAY DIFFRACTION	12	F	19 - 39
24	X-RAY DIFFRACTION	12	F	136 - 173

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)