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- PDB-3k64: Crystal structure of FBF-2/fem-3 PME complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k64
タイトルCrystal structure of FBF-2/fem-3 PME complex
要素
  • 5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*CP*AP*UP*U)-3'
  • Fem-3 mRNA-binding factor 2
キーワードRNA/RNA BINDING PROTEIN / FBF / fem-3 binding factor / PUF / RNA-binding specificity / base flipping / base stacking / RNA-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR binding / negative regulation of translation / cell differentiation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Fem-3 mRNA-binding factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, Y. / Opperman, L. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis for specific recognition of multiple mRNA targets by a PUF regulatory protein.
著者: Wang, Y. / Opperman, L. / Wickens, M. / Hall, T.M.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*CP*AP*UP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7732
ポリマ－49,7732
非ポリマー00
水8,917495
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.675, 96.675, 101.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Fem-3 mRNA-binding factor 2


分子量: 46962.004 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 164-575, RNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A TEV cleavage site is inserted between GST and FBF-2.
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: F21H12.5, fbf-2 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3) / 参照: UniProt: Q09312
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*GP*UP*GP*UP*CP*AP*UP*U)-3'


分子量: 2810.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris pH 7.5, 10% polyethylene glycol 8000, and 8% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→26.3201 Å / Num. obs: 36362 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 22.919 Å2 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1849 / Rsym value: 0.838 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIfrom SER-CATデータ収集
APSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K5Q

3k5q


解像度: 2→26.3201 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1913 1845 -R-free selection was copied from the structure factor file of PDB ENTRY 3K5Q
Rwork0.1525 ---
obs-36362 99.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.3201 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3182 185 0 495 3862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.639
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3875-0.60790.18680.38030.442.80320.23270.70770.542-1.06060.32110.488-0.4049-0.04791.19380.4280.0124-0.12190.33130.22090.325822.0054-2.5161-30.5641
20.2438-0.0442-0.23920.2861-0.30940.34170.10910.20240.0881-0.10710.12280.1007-0.0513-00.00010.1381-0.02720.01980.12530.01690.162728.6507-7.7959-21.0556
30.03410.0324-0.74920.5443-0.72421.7640.09970.00580.18170.10520.02910.0656-0.10250.1284-00.1437-0.01240.03330.1232-0.01630.152330.6284-8.8459-9.1541
40.26970.4716-0.31060.2763-1.00990.2880.11140.06280.10980.13240.05220.0571-0.16060.1194-00.1454-0.04530.03720.1644-0.01390.158326.8079-15.76350.081
50.70770.622-0.61930.4285-0.68780.40820.2017-0.05620.22680.0872-00.1312-0.02060.09760.00350.1118-0.0250.02370.15370.00260.146323.9834-22.51837.2297
61.04060.8903-0.33280.9744-0.76760.27330.1745-0.2767-0.02560.0897-0.07050.1179-0.01980.05530.00010.1123-0.0405-0.01220.18890.02350.094525.0293-32.030112.0864
70.43730.89790.0490.8752-0.5801-0.18980.133-0.03540.13390.1881-0.1-0.0421-0.00050.0485-00.1184-0.0441-0.02810.17490.04130.156216.5577-41.211615.4695
80.61390.65830.43411.4509-0.1336-0.00750.062-0.0812-0.03090.3723-0.043-0.0003-0.07790.0813-00.1921-0.0314-0.03940.14490.04310.1457.5585-52.085118.8387
90.69580.38190.03761.1956-0.50090.8817-0.03420.0836-0.11210.0218-0.0444-0.0470.09230.2135-00.12270.0103-0.00640.14460.02030.11019.9184-61.26212.8197
100.57360.03260.14160.3288-0.24140.3867-0.04140.4973-0.0102-0.17470.07240.17520.3852-0.07710.00780.21610.0034-0.00380.1902-0.0150.0863-0.1385-64.11944.5358
110.05850.4104-0.3064-0.1746-0.1909-0.6751-0.14110.08440.1861-0.34410.15380.25770.14020.1028-00.3169-0.1296-0.05160.260.09360.212110.1506-33.2661-3.3772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 168:193A168 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 194:229A194 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 230:276A230 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 277:313A277 - 313
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 314:349A314 - 349
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 350:404A350 - 404
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 405:441A405 - 441
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resid 442:487A442 - 487
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resid 488:545A488 - 545
10X-RAY DIFFRACTION10chain A and resid 546:567A546 - 567
11X-RAY DIFFRACTION11chain BB1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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