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万見
- PDB-3k5x: Crystal structure of dipeptidase from Streptomics coelicolor comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5x
タイトルCrystal structure of dipeptidase from Streptomics coelicolor complexed with phosphinate pseudodipeptide L-Ala-D-Asp at 1.4A resolution.
要素Dipeptidase
キーワードHYDROLASE / dipeptidase from Streptomics coelicolor / the closest bacterial homolog to human renal dipeptidase / phosphinate pseudodipeptide / L-Ala-D-Asp
機能・相同性
機能・相同性情報


metallodipeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M19 / Membrane dipeptidase (Peptidase family M19) / Renal dipeptidase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phosphinate pseudodipeptide L-Ala-D-Asp / Dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
Model detailsPutative dipeptidase
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Cummings, J. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure, mechanism, and substrate profile for Sco3058: the closest bacterial homologue to human renal dipeptidase .
著者: Cummings, J.A. / Nguyen, T.T. / Fedorov, A.A. / Kolb, P. / Xu, C. / Fedorov, E.V. / Shoichet, B.K. / Barondeau, D.P. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6764
ポリマ－43,3061
非ポリマー3703
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Dipeptidase
ヘテロ分子

A: Dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3528
ポリマ－86,6122
非ポリマー7406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area3410 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.910, 96.910, 104.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-789-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidase


分子量: 43306.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: SCO3058, SCBAC19G2.13c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93J45
#2: 化合物 ChemComp-P8D / phosphinate pseudodipeptide L-Ala-D-Asp / (2R)-2-{[(R)-[(1R)-1-aminoethyl](hydroxy)phosphoryl]methyl}butanedioic acid


分子量: 239.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO6P
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% polyacrylic acid, 0.1M hepes, 0.02M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25 Å / Num. all: 106229 / Num. obs: 106229 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ID7

3id7


解像度: 1.4→24.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1767382.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 5297 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 106229 95.3 %-
all-106229 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.91 Å2 / ksol: 0.366725 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å2-0.51 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---3.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2979 0 17 417 3413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.741.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.222.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 400 5.1 %
Rwork0.386 7419 -
obs-7419 70.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4P8D_par.txtPAD_top.txt
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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