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- PDB-3k5t: Crystal structure of human diamine oxidase in space group C2221 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5t
タイトルCrystal structure of human diamine oxidase in space group C2221
要素Diamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper amine oxidase / CAO / topaquinone / TPQ / diamine oxidase / DAO / human / Glycoprotein / Heparin-binding / Metal-binding / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


diamine oxidase / putrescine metabolic process / histamine oxidase activity / putrescine oxidase activity / diamine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / Phase I - Functionalization of compounds / bicellular tight junction / quinone binding / specific granule lumen ...diamine oxidase / putrescine metabolic process / histamine oxidase activity / putrescine oxidase activity / diamine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / Phase I - Functionalization of compounds / bicellular tight junction / quinone binding / specific granule lumen / peroxisome / heparin binding / copper ion binding / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 ...Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Diamine oxidase [copper-containing]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者McGrath, A.P. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: A new crystal form of human diamine oxidase.
著者: McGrath, A.P. / Hilmer, K.M. / Collyer, C.A. / Dooley, D.M. / Guss, J.M.
履歴
登録2009年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7708
ポリマ－83,4641
非ポリマー1,3067
水5,386299
1
A: Diamine oxidase
ヘテロ分子

A: Diamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,53916
ポリマ－166,9282
非ポリマー2,61214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area21160 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area45450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.771, 96.954, 178.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Diamine oxidase / Amiloride-sensitive amine oxidase [copper-containing] / DAO / Amiloride-binding protein / ABP / ...Amiloride-sensitive amine oxidase [copper-containing] / DAO / Amiloride-binding protein / ABP / Histaminase / Kidney amine oxidase / KAO


分子量: 83463.797 Da / 分子数: 1 / 変異: R21P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABP1, AOC1, DAO1 / 細胞株 (発現宿主): Drosophila Schneider 2 (S2)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P19801, diamine oxidase

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 303分子

#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1 M MES (pH 6.1), 12% w/v PEG 20,000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX120.957
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2007年1月11日OSMIC MIRRORS
ADSC QUANTUM 210r2CCD2008年3月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Ni FILTERSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.9571
反射解像度: 2.106→178.06 Å / Num. obs: 45200 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.2130.2992.51955865620.29996.2
2.21-2.353.30.223.42035060750.2293.4
2.35-2.513.80.1714.42112755960.17192
2.51-2.714.20.1395.42139251190.13990.1
2.71-2.9750.1245.82374047070.12490.1
2.97-3.327.60.1365.23637248030.136100
3.32-3.837.80.1016.73314642350.101100
3.83-4.718.80.1065.56797736170.106100
4.7-6.6420.40.09965787828360.099100
6.64-89.1190.1045.53137216500.104100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2c10

2c10


解像度: 2.11→89.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.224 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.791 / SU B: 7.303 / SU ML: 0.19 / SU R Cruickshank DPI: 0.289 / SU Rfree: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 2288 5.1 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.239 45199 --
obs0.239 45199 94.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.96 Å2 / Biso mean: 26.043 Å2 / Biso min: 3.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.95 Å20 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3---3.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→89.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5587 0 79 299 5965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.9538069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8239339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7395716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.80622.915271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57815788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2681535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4311.53578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0821.51423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77725767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.13632305
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7924.52300
LS精密化 シェル解像度: 2.106→2.161 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 165 -
Rwork0.321 3042 -
all-3207 -
obs--91.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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