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万見
- PDB-3k5i: Crystal structure of N5-carboxyaminoimidazole synthase from asper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k5i
タイトルCrystal structure of N5-carboxyaminoimidazole synthase from aspergillus clavatus in complex with ADP and 5-aminoimadazole ribonucleotide
要素Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
キーワードLYASE / purine biosynthesis / ATP-grasp
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, fungi/plant / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / : / Ribonucleotide synthetase preATP-grasp domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Class I PurE / PurE domain ...Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, fungi/plant / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / : / Ribonucleotide synthetase preATP-grasp domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Class I PurE / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 5-AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus clavatus (カビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Paritala, H. / Firestine, S.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural and functional studies of Aspergillus clavatus N(5)-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Paritala, H. / Firestine, S.M.
履歴
登録2009年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月21日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年1月31日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.pdbx_formal_charge

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
B: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
C: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
D: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,33519
ポリマ－178,9114
非ポリマー3,42415
水20,3571130
1
A: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
B: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,17910
ポリマ－89,4562
非ポリマー1,7248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
2
C: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
D: Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1569
ポリマ－89,4562
非ポリマー1,7017
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.500, 134.200, 98.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Phosphoribosyl-aminoimidazole carboxylase


分子量: 44727.789 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus clavatus (カビ) / 株: NRRL 1 / 遺伝子: ACLA_051590, ade2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: A1CII2, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase

-
非ポリマー , 6種, 1145分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-AIR / 5-AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE / 1-(5-アミノ-1H-イミダゾ-ル-1-イル)-1-デオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-りん酸


分子量: 295.186 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N3O7P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% PEG-5000 monomethylether, 40 mM MgCl2, 200 mM NaCl, 100 mM CHES, 10 mM ATP, 10 mM 5-aminoimidazole ribonucleotide, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月27日 / 詳細: montel
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 118616 / Num. obs: 118616 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 15717 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
TNT精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3K5H

3k5h


解像度: 2→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 11667 -random
Rwork0.203 ---
all0.206 118616 --
obs0.206 118616 91.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11802 0 215 1130 13147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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