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- PDB-3k56: Crystal Structure of Isopentenyl Phosphate Kinase from M. jannasc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k56
タイトルCrystal Structure of Isopentenyl Phosphate Kinase from M. jannaschii in complex with IPP beta-S
要素isopentenyl phosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / small molecule kinase / ATP-binding / ATP gamma-S / Methanocaldococcus jannaschii / isopentenyl monophosphate / isopentenyl diphosphate / isoprenoid biosynthesis / mevalonate pathway / archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / terpenoid biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance kinase, FomA-type / Glutamate/acetylglutamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isopentenyl Diphosphate Beta-S / Isopentenyl phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Dellas, N. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mutation of archaeal isopentenyl phosphate kinase highlights mechanism and guides phosphorylation of additional isoprenoid monophosphates.
著者: Dellas, N. / Noel, J.P.
履歴
登録2009年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: isopentenyl phosphate kinase
B: isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9328
ポリマ－60,0192
非ポリマー9136
水1,22568
1


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
2
A: isopentenyl phosphate kinase
B: isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子

A: isopentenyl phosphate kinase
B: isopentenyl phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,86416
ポリマ－120,0394
非ポリマー1,82512
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area42380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.680, 100.240, 87.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 isopentenyl phosphate kinase


分子量: 30009.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0044 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q60352
#2: 化合物 ChemComp-IS3 / Isopentenyl Diphosphate Beta-S / O-(3-methylbutyl) trihydrogen thiodiphosphate


分子量: 264.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14O6P2S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 5mM ATP gamma-S, 1mM IP, 2mM magnesium chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. all: 29535 / Num. obs: 29290 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.01 % / Biso Wilson estimate: 57.911 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.65
反射 シェル解像度: 2.34→2.44 Å / 冗長度: 6.76 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured obs: 20588 / Num. unique all: 4681 / Num. unique obs: 3160 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BOSデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3K4O

3k4o


解像度: 2.34→42.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.27 / WRfactor Rwork: 0.225 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.786 / SU B: 8.419 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.325 / SU Rfree: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1468 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 29289 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.31 Å2 / Biso mean: 51.764 Å2 / Biso min: 17.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→42.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4075 0 48 68 4191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9851.9865660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8175509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81925.135185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.49915812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2761518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.161.52534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10824108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.89631669
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.634.51552
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.405 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 106 -
Rwork0.328 1866 -
all-1972 -
obs--92.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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