PDB-3k4u: CRYSTAL STRUCTURE OF putative binding component of ABC transporte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4u

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative binding component of ABC transporter from Wolinella succinogenes DSM 1740 complexed with lysine

要素

BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / abc transporter / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Wolinella succinogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative binding component of ABC transporter from Wolinella succinogenes DSM 1740 complexed with lysine
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4u.cif.gz	282.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4u.ent.gz	239.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k4u_validation.pdf.gz	509.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k4u_full_validation.pdf.gz	571.3 KB	表示
XML形式データ	3k4u_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	3k4u_validation.cif.gz	77 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6im3-d 5b43-d 4r0g-d 6ehm-d 6gtg-d 5xuz-2 6i1l-1 6h0f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11316q

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

B: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

C: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

D: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

E: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

F: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

ヘテロ分子

171 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

B: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

C: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

D: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

E: BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

3

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.406, 149.151, 81.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER 分子量: 28340.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア) 株: DSM 1740 / 遺伝子: CAE09431.1, WS0279 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q7MAG0
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 10% iso-propanol, 0.1 M Hepes, 20% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 12.01 / 数: 377460 / R_merge(I) obs: 0.124 / Χ²: 1.66 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 100715 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.32	50	99.5	1	0.049	3.496	3.8
5.81	7.32	99.6	1	0.075	2.651	3.6
5.08	5.81	99.8	1	0.082	2.509	3.8
4.62	5.08	100	1	0.073	2.601	3.8
4.29	4.62	99.9	1	0.081	2.314	3.8
4.03	4.29	99.9	1	0.096	1.982	3.8
3.83	4.03	99.9	1	0.112	1.771	3.9
3.66	3.83	100	1	0.144	1.475	3.9
3.52	3.66	100	1	0.168	1.421	3.9
3.4	3.52	100	1	0.202	1.278	3.9
3.3	3.4	100	1	0.269	1.184	3.9
3.2	3.3	100	1	0.341	1.142	3.9
3.12	3.2	100	1	0.447	1.146	3.9
3.04	3.12	100	1	0.552	1.143	3.9
2.97	3.04	100	1	0.595	1.156	3.8
2.91	2.97	100	1	0.675	1.147	3.8
2.85	2.91	99.9	1	0.908	1.136	3.7
2.8	2.85	99.1	1		1.174	3.5
2.75	2.8	97.1	1		1.188	3.3
2.7	2.75	92.3	1		1.124	3.1

反射

解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 100715 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 92.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0089	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.62→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 28.98 / SU ML: 0.251 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	2657	5.2 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.205	51195	90.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.47 Å²	0 Å²	-6.33 Å²
2-	-	-4.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11238	0	60	116	11414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	11550
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.977	15572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.272	5	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.276	24.762	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.314	15	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.341	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.082	3.5	6959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.811	50	11186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.276	50	4591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.033	4.5	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.75 Å / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1155	0.0622	-0.1858	0.7293	0.097	2.1875	-0.0829	0.2256	0.1424	-0.1864	0.0029	0.153	-0.0757	-0.0374	0.0801	0.5121	-0.006	-0.0886	0.3949	0.0169	0.0539	-6.6197	-9.4601	-11.7418
2	1.2152	-0.3684	0.5566	2.5829	-0.6981	1.3855	-0.0084	0.0421	-0.2469	-0.1026	-0.0841	-0.2362	0.1682	0.0499	0.0925	0.3478	0.0334	0.0748	0.3193	-0.0168	0.1146	17.4003	-34.174	8.9035
3	0.6269	0.2323	-0.1739	2.6156	0.7457	0.7911	0.0576	-0.0892	0.0197	0.2466	-0.0549	0.1664	-0.0881	-0.0436	-0.0027	0.4199	0.0008	0.0189	0.334	-0.0325	0.0196	-18.2534	-51.8281	-7.1056
4	1.3889	0.0126	-0.5982	1.096	-0.0823	2.1197	0.1097	0.0922	0.0863	-0.2086	-0.1088	-0.2631	-0.2625	0.0368	-0.0009	0.3889	-0.0147	0.0327	0.2601	0.0412	0.0708	4.7276	-59.0032	-39.1977
5	2.903	-0.1368	-0.6868	1.201	-0.0742	1.2164	-0.1086	0.0021	-0.0544	0.0641	0.0289	0.0938	0.0965	-0.1662	0.0796	0.4143	-0.0069	-0.0055	0.3952	-0.0341	0.0157	-18.9286	-23.5811	23.8343
6	3.0737	0.5091	0.5724	1.8191	-0.3793	0.6052	-0.0909	0.2711	0.2235	-0.1585	0.0276	0.2669	0.0181	-0.1515	0.0633	0.3649	-0.0117	-0.0544	0.4485	-0.0319	0.0678	-31.6889	-75.84	-36.4673

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 233
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	502 - 523
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	502 - 520
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	502 - 520
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 233
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	501
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	502 - 518
13	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 233
14	X-RAY DIFFRACTION	5	E	501
15	X-RAY DIFFRACTION	5	E	502 - 523
16	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 233
17	X-RAY DIFFRACTION	6	F	501
18	X-RAY DIFFRACTION	6	F	502 - 518

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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