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- PDB-3k4k: Pyranose 2-oxidase F454N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4k
タイトルPyranose 2-oxidase F454N mutant
要素Pyranose 2-oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / F454N MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold - #50 / Pyranose 2-oxidase / Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold / : / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyranose 2-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trametes ochracea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Divne, C. / Tan, T.C.
引用ジャーナル: Febs J. / : 2010
タイトル: Importance of the gating segment in the substrate-recognition loop of pyranose 2-oxidase.
著者: Spadiut, O. / Tan, T.C. / Pisanelli, I. / Haltrich, D. / Divne, C.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1662
ポリマ-69,3811
非ポリマー7861
7,855436
1
A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,6658
ポリマ-277,5234
非ポリマー3,1424
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area22900 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area81050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.059, 102.059, 119.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase


分子量: 69380.719 Da / 分子数: 1 / 変異: F454N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: PET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.1M MES, 50MM MGCL2, 10% (W/V)% MONOMETHYLETHER PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 83548 / Num. obs: 83548 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 13637 / Rsym value: 0.86 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2IGO
解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.099 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 1961 2.3 %RANDOM
Rwork0.18488 ---
all0.18556 81587 --
obs0.18556 81587 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.416 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4531 0 53 436 5020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224704
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8411.966400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01137697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8715574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29124.533225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47415756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2811527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.23497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22434
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2610.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4261.53634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3631.51150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66324670
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73932105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6994.51730
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.686 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 276 -
Rwork0.215 11672 -
obs--99.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07320.0657-0.04440.0951-0.0160.0546-0.00820.0237-0.01750.00210.01370.0059-0.0012-0.0044-0.00550.02320.00790.00510.0605-0.00920.021661.63945.893335.2148
20.16820.0124-0.04180.14860.07120.1256-0.00140.0541-0.0163-0.00250.00340.0026-0.02190.0233-0.0020.0180.00010.00460.0625-0.00270.016471.845855.548429.1273
31.6417-0.95-0.02720.6623-0.03770.08520.00580.12150.13870.0104-0.0089-0.06010.0156-0.02910.00310.01350.0033-0.00440.04530.02880.031453.407381.87645.7498
43.71172.2259-4.49953.3037-2.67615.4548-0.56210.2563-0.7096-0.32330.16030.3280.74160.15150.40180.138-0.02590.02190.14860.01660.150552.131563.290948.3239
50.1237-0.03410.00190.07430.08950.1247-0.00770.0219-0.01480.01730.0175-0.0131-0.01780.026-0.00990.0197-0.00150.00670.0563-0.00240.030375.595754.426938.4024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2A152 - 359
3X-RAY DIFFRACTION3A360 - 449
4X-RAY DIFFRACTION4A450 - 462
5X-RAY DIFFRACTION5A463 - 618

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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