PDB-3k4k: Pyranose 2-oxidase F454N mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4k

タイトル

Pyranose 2-oxidase F454N mutant

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / F454N MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Divne, C. / Tan, T.C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Importance of the gating segment in the substrate-recognition loop of pyranose 2-oxidase.
著者: Spadiut, O. / Tan, T.C. / Pisanelli, I. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4k.cif.gz	139.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4k.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k4k_validation.pdf.gz	718.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k4k_full_validation.pdf.gz	725.2 KB	表示
XML形式データ	3k4k_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	3k4k_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k4jC 3k4lC 3k4mC 3k4nC 2igoS 1tt0 2igk 2igm 2ign 3bg6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tzl-2 3fdy-1 2ign-2 2igo-2 4mok-d 3k4j-1 4moi-1 2ign-1 3lsh-d 2igo-1 2igm-2 3k4n-1 2igm-1 4mom-d 4moj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

70.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.059, 102.059, 119.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 69380.719 Da / 分子数: 1 / 変異: F454N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: PET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50MM MGCL2, 10% (W/V)% MONOMETHYLETHER PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 83548 / Num. obs: 83548 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 13637 / R_sym value: 0.86 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2IGO

2igo

解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 3.099 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2129	1961	2.3 %	RANDOM
R_work	0.18488	-	-	-
all	0.18556	81587	-	-
obs	0.18556	81587	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4531	0	53	436	5020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.841	1.96	6400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.011	3	7697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.871	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.291	24.533	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.474	15	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.281	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.161	0.2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.223	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.261	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.426	1.5	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.363	1.5	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.663	2	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.739	3	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.699	4.5	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.686 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	276	-
R_work	0.215	11672	-
obs	-	-	99.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0732	0.0657	-0.0444	0.0951	-0.016	0.0546	-0.0082	0.0237	-0.0175	0.0021	0.0137	0.0059	-0.0012	-0.0044	-0.0055	0.0232	0.0079	0.0051	0.0605	-0.0092	0.0216	61.639	45.8933	35.2148
2	0.1682	0.0124	-0.0418	0.1486	0.0712	0.1256	-0.0014	0.0541	-0.0163	-0.0025	0.0034	0.0026	-0.0219	0.0233	-0.002	0.018	0.0001	0.0046	0.0625	-0.0027	0.0164	71.8458	55.5484	29.1273
3	1.6417	-0.95	-0.0272	0.6623	-0.0377	0.0852	0.0058	0.1215	0.1387	0.0104	-0.0089	-0.0601	0.0156	-0.0291	0.0031	0.0135	0.0033	-0.0044	0.0453	0.0288	0.0314	53.4073	81.876	45.7498
4	3.7117	2.2259	-4.4995	3.3037	-2.6761	5.4548	-0.5621	0.2563	-0.7096	-0.3233	0.1603	0.328	0.7416	0.1515	0.4018	0.138	-0.0259	0.0219	0.1486	0.0166	0.1505	52.1315	63.2909	48.3239
5	0.1237	-0.0341	0.0019	0.0743	0.0895	0.1247	-0.0077	0.0219	-0.0148	0.0173	0.0175	-0.0131	-0.0178	0.026	-0.0099	0.0197	-0.0015	0.0067	0.0563	-0.0024	0.0303	75.5957	54.4269	38.4024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	152 - 359
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	360 - 449
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	450 - 462
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	463 - 618

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