PDB-3k4j: Pyranose 2-oxidase H450Q mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k4j

タイトル

Pyranose 2-oxidase H450Q mutant

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / H450Q MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Divne, C. / Tan, T.C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: Importance of the gating segment in the substrate-recognition loop of pyranose 2-oxidase.
著者: Spadiut, O. / Tan, T.C. / Pisanelli, I. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k4j.cif.gz	136.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k4j.ent.gz	103.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k4kC 3k4lC 3k4mC 3k4nC 2igoS 1tt0 2igk 2igm 2ign 3bg6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k4n-1 1tzl-2 2ign-2 3k4k-1 4moi-1 3fdy-1 2igo-2 2igo-1 3lsh-d 2igm-1 3k4l-1 4mof-1 4moh-1 2ign-1 4mok-d 2igk-2 2igm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

70.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
282 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.910, 101.910, 120.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 69403.773 Da / 分子数: 1 / 変異: H450Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: PET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50MM MGCL2, 10% (W/V)% MONOMETHYLETHER PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0379 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月26日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 43397 / Num. obs: 43397 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / R_sym value: 0.187 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 5784 / R_sym value: 0.859 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2IGO

2igo

解像度: 2→29.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 5.792 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19956	1990	4.6 %	RANDOM
R_work	0.15643	-	-	-
all	0.15842	41420	-	-
obs	0.15842	41420	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.138 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4517	0	65	307	4889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.861	1.963	6396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.011	3	7715
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.875	5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.606	24.509	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.618	15	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.494	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.196	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.258	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.231	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.393	1.5	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.303	1.5	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.694	2	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.843	3	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.871	4.5	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	285	-
R_work	0.152	5906	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1016	0.0388	-0.0095	0.0207	0.0096	0.0307	-0.0088	0.0138	-0.0105	0.0035	0.0162	-0.0154	-0.0127	-0.0057	-0.0074	0.0301	-0.0026	0.0076	0.0421	-0.0097	0.0233	61.7523	46.6278	35.8776
2	0.1933	0.0605	0	0.2246	0.1303	0.2249	-0.0046	0.0633	0.0274	-0.0314	0.0043	0.0065	-0.0493	0.0163	0.0003	0.0317	-0.0102	0.0104	0.0397	0.012	0.0065	69.0537	65.8446	29.0855
3	0.3533	-0.1498	-0.1889	0.2136	0.1907	0.2726	-0.0235	0.0141	-0.0902	0.0029	0.0301	0.006	-0.0127	0.0546	-0.0066	0.0146	0.0044	0.0124	0.034	-0.0206	0.0427	77.1902	40.5691	30.3282
4	1.0383	-0.4665	-0.0974	0.2561	-0.0177	0.214	-0.0071	0.0451	0.0325	-0.0091	0.0067	-0.0083	0.0098	-0.0349	0.0004	0.0188	0.0001	-0.0072	0.0293	0.011	0.0228	52.8582	79.1742	46.4249
5	0.1346	-0.0239	-0.043	0.1227	0.1011	0.1809	-0.0171	0.0104	-0.0308	0.0059	0.0198	-0.0229	-0.0205	0.0218	-0.0026	0.0163	-0.0048	0.0091	0.0424	-0.0115	0.029	77.2436	53.0477	37.7203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 286
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	287 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	366 - 473
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	474 - 618

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関連情報:EMDBヘッダ

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