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万見
- PDB-3k4i: CRYSTAL STRUCTURE OF uncharacterized protein PSPTO_3204 from Pseu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF uncharacterized protein PSPTO_3204 from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000
要素uncharacterized protein
キーワードstructural genomics / unknown function / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3070 / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / Glucose Oxidase; domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / 3-Layer(bba) Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF uncharacterized protein PSPTO_3204 from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
C: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8149
ポリマ－79,6353
非ポリマー1796
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.442, 124.857, 66.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 26544.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: AAO56687.1, PSPTO3204 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q880F6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 118996 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 3.06 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.69-1.722.70.56954701.138186.6
1.72-1.752.80.52756351.219194
1.75-1.782.90.50957991.288194.7
1.78-1.8230.44758541.32194.5
1.82-1.8630.37758971.412196.8
1.86-1.930.33659481.62196.2
1.9-1.953.10.27958641.66197.2
1.95-23.10.24859891.774196.8
2-2.063.10.21359691.997197.9
2.06-2.133.10.19160202.123197.7
2.13-2.213.10.16659782.217197.7
2.21-2.293.10.15360352.459197.7
2.29-2.43.10.13760272.492198.6
2.4-2.523.10.12459732.835198.1
2.52-2.683.10.1160953.102198
2.68-2.893.10.09960443.743198.6
2.89-3.183.10.09860975.723199.3
3.18-3.643.20.08960706.993199.9
3.64-4.593.10.06961007.24199.2
4.59-503.20.05861326.766199.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0089精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.69→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.867 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2985 5.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 58815 94.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.01 Å2 / Biso mean: 14.076 Å2 / Biso min: 2.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.44 Å20 Å25.75 Å2
2---4.98 Å20 Å2
3----6.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4584 0 6 374 4964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.966342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7435613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10524.67197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.22215758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3871533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0263.53049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.883504941
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.949501611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4034.51399
LS精密化 シェル解像度: 1.693→1.736 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 191 -
Rwork0.242 3445 -
all-3636 -
obs--79.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26470.0804-0.01850.28050.20030.84820.0196-0.0155-0.0310.01130.0093-0.0005-0.0676-0.0077-0.02890.01640.0063-0.02610.11470.00850.11423.118764.956860.3959
20.19120.1621-0.04320.5984-0.53550.95790.002-0.02620.02250.0444-0.0555-0.0234-0.07030.07440.05360.0254-0.0012-0.00570.05770.00050.116932.254190.048944.9821
30.37290.2024-0.18150.3999-0.27920.52830.00690.04230.0030.00050.01130.0144-0.0296-0.0216-0.01820.01360.0058-0.03560.1206-0.00630.121221.276665.105929.382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 218
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1A245 - 398
4X-RAY DIFFRACTION2B9 - 218
5X-RAY DIFFRACTION2B501 - 502
6X-RAY DIFFRACTION2B245 - 404
7X-RAY DIFFRACTION3C2 - 220
8X-RAY DIFFRACTION3C501 - 502
9X-RAY DIFFRACTION3C245 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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