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- PDB-3k4d: Crystal structure of E. coli beta-glucuronidase with the glucaro-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4d
タイトルCrystal structure of E. coli beta-glucuronidase with the glucaro-d-lactam inhibitor bound
要素Beta-glucuronidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha/beta barrel / sugar-binding domain / beta-sandwich domain / glycosyl hydrolase / glucaro-d-lactam / Glycosidase / Hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / signaling receptor binding / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EVA / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.393 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Alleviating cancer drug toxicity by inhibiting a bacterial enzyme.
著者: Wallace, B.D. / Wang, H. / Lane, K.T. / Scott, J.E. / Orans, J. / Koo, J.S. / Venkatesh, M. / Jobin, C. / Yeh, L.A. / Mani, S. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,8764
ポリマ－137,4942
非ポリマー3822
水6,395355
1
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子

A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,7528
ポリマ－274,9884
非ポリマー7654
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14200 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area79470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.653, 76.971, 125.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-653-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucuronidase / GUS / Beta-D-glucuronoside glucuronosohydrolase


分子量: 68746.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1617, gurA, gusA, JW1609, uidA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05804, beta-glucuronidase
#2: 化合物 ChemComp-EVA / (2S,3R,4S,5R)-3,4,5-trihydroxy-6-oxopiperidine-2-carboxylic acid / D-グルカロ-1,5-ラクタム


分子量: 191.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M Mg Acetate, 0.02% Sodium azide, 500 mM Glucaro-d-lactam, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.393→50 Å / Num. obs: 51884 / % possible obs: 98.33 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 2.393→2.49 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / % possible all: 93.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.64 Å47.79 Å
Translation2.64 Å47.79 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3K4A

3k4a


解像度: 2.393→29.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.42 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23682 2502 4.9 %RANDOM
Rwork0.20455 ---
obs0.2061 50982 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å20 Å20.38 Å2
2--1.64 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.393→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9552 0 26 355 9933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.92213384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.97551188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46624.269506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.192151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7611558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6261.55928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.83429566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05533906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6814.53818
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.25739834
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.393→2.455 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 190 -
Rwork0.257 3283 -
obs--91.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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