PDB-3k42: Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M pH 7.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k42

タイトル

Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M pH 7.0

要素

Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

キーワード

protein transport / sugar binding protein / transport / lysosome / mannose / receptor / sugar binding / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / Lysosome Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome / Clathrin-mediated endocytosis / lysosomal transport / trans-Golgi network / endosome / protein domain specific binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Intermonomer interactions are essential for lysosomal enzyme binding by the cation-dependent mannose 6-phosphate receptor.
著者: Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k42.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k42.ent.gz	57.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k42_validation.pdf.gz	495.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k42_full_validation.pdf.gz	505.8 KB	表示
XML形式データ	3k42_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	3k42_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k41C 3k43C 1m6pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vut-10 3mua-2 4jxs-1 2vus-11 3ms8-2 1pwe-6 1nwr-4 1k6j-2 3k43-d 3o3v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

B: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

ヘテロ分子

36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

ヘテロ分子

B: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.582, 102.582, 100.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質

Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor / CD Man-6-P receptor / CD-MPR / 46 kDa mannose 6-phosphate receptor / MPR 46

分子量: 17444.611 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-182 / 変異: E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: M6PR / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主:

Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): x-33 / 参照: UniProt: P11456

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸

分子量: 172.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 3M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 23014 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.434 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.481 / Num. unique all: 2307 / Χ²: 1.194 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1M6P

1m6p

解像度: 2.3→36.27 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	1530	6.6 %
R_work	0.228	-	-
obs	-	22239	96.3 %

溶媒の処理

B_sol: 47.801 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.93 Å² / B_iso mean: 31.566 Å² / B_iso min: 10.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.365 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.365 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.731 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2268	0	88	180	2536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.589	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.021	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.744	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.987	2.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION	5	g1p.par

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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