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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k3s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of altronate hydrolase (fragment 1-84) from Shigella Flexneri. | ||||||
要素 | Altronate hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / altronate hydrolase / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, J. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Le, B. / Zimmerman, M.D. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of altronate hydrolase (fragment 1-84) from Shigella Flexneri. 著者: Hou, J. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Le, B. / Zimmerman, M.D. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k3s.cif.gz | 152.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k3s.ent.gz | 126.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k3s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k3s_validation.pdf.gz | 520.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3k3s_full_validation.pdf.gz | 526.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k3s_validation.xml.gz | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k3s_validation.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k3s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11528.559 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 1-84 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: S3338, SF3131, uxaA / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q83JJ2, UniProt: A0A0H2VY20*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH=7.0, 5% tacsimate pH=7.0, 10% PEG 5K MME, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月11日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 59149 / Num. obs: 59149 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 18.184 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2907 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.799 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 959 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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