ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show MOLREP位相決定 Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.005 データ抽出 Show HKL-2000データ収集
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 3K3F解像度 : 2.4→27.47 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.958 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.944 / WRfactor Rfree : 0.222 / WRfactor Rwork : 0.194 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.25 / FOM work R set : 0.872 / SU B : 11.143 / SU ML : 0.133 / SU R Cruickshank DPI : 0.216 / SU Rfree : 0.183 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.211 / ESU R Free : 0.178 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOODRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.214 1166 5.1 % RANDOM Rwork 0.186 - - - all 0.187 22964 - - obs 0.187 22964 99.61 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 121.09 Å2 / Biso mean : 44.871 Å2 / Biso min : 30.61 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.45 Å2 0.22 Å2 0 Å2 2- - 0.45 Å2 0 Å2 3- - - -0.67 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.4→27.47 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2481 0 21 28 2530
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.015 0.022 2554 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.338 1.972 3476 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.49 5 329 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg39.846 22.824 85 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.737 15 386 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg21.68 15 9 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.104 0.2 414 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.004 0.02 1891 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.206 0.2 1316 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.309 0.2 1807 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.126 0.2 88 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.18 0.2 85 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.112 0.2 5 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.559 1.5 1681 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it0.985 2 2621 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.468 3 1005 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.101 4.5 855
LS精密化 シェル 解像度 : 2.4→2.459 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.307 77 - Rwork 0.242 1573 - all - 1650 - obs - - 98.33 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 4.8342 -1.6929 9.062 7.9641 -13.0124 30.1202 -0.6349 -0.3058 0.0239 0.2416 -0.7059 -0.76 0.2275 -0.0217 1.3408 0.4279 0.0681 0.0709 0.0337 0.3571 0.3171 60.6756 5.3778 -18.4165 2 2.1977 0.1097 -0.1939 1.998 -0.2546 1.5486 -0.1533 0.0243 0.6072 0.0216 -0.2017 -0.0641 -0.4442 0.03 0.355 0.2863 -0.0059 -0.1542 0.0628 0.0315 0.2399 56.3248 -11.1229 2.1456 3 1.6366 0.1748 0.0048 1.5598 -0.0848 1.6575 -0.1411 0.0979 0.4876 -0.0226 -0.1741 0.4281 -0.3122 -0.3262 0.3152 0.1942 0.0919 -0.1427 0.1491 -0.0898 0.2654 40.8581 -15.2346 1.3617 4 9.7948 2.1701 -2.3286 19.0035 -2.3764 8.0071 -0.1669 1.0377 0.7335 -2.5393 0.0064 -0.5474 -0.3537 0.0066 0.1605 0.2869 0.1595 -0.42 0.2386 0.116 -0.0502 39.49 -12.7689 -19.0106
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A0 - 15 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A16 - 181 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A182 - 312 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A313 - 334