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- PDB-3k3b: Co-crystal structure of the human kinesin Eg5 with a novel tetrah... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k3b
タイトルCo-crystal structure of the human kinesin Eg5 with a novel tetrahydro-beta-carboline
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードMOTOR PROTEIN / protein-ligand complex / ATP-binding / Cell cycle / Cell division / Microtubule / Mitosis / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / spindle / spindle pole / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-L31 / NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bussiere, D.E. / Bellamacina, C. / Le, V.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: The discovery of tetrahydro-beta-carbolines as inhibitors of the kinesin Eg5.
著者: Barsanti, P.A. / Wang, W. / Ni, Z.J. / Duhl, D. / Brammeier, N. / Martin, E. / Bussiere, D. / Walter, A.O.
履歴
登録2009年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月13日Group: Refinement description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,92112
ポリマ－82,1112
非ポリマー1,80910
水5,567309
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0317
ポリマ－41,0561
非ポリマー9756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8895
ポリマ－41,0561
非ポリマー8344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.970, 92.670, 102.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor- ...Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor-interacting protein 5 / TRIP-5 / Kinesin-like protein 1


分子量: 41055.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF11, EG5, KNSL1, TRIP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52732

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非ポリマー , 7種, 319分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-L31 / 3-[(1R)-2-acetyl-6-methyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-beta-carbolin-1-yl]phenol


分子量: 320.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N2O2
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15-17% PEG3350 150-300 mM NaNO3 100 mM MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.953724 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.96 Å / Num. all: 30120 / Num. obs: 29909 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4344 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→39.96 Å / SU ML: 2.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 1419 4.98 %random
Rwork0.2055 ---
all0.2075 30120 --
obs0.2075 28490 99.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.008 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5147 0 120 309 5576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0557270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.731969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005923
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48580.31171310.26872455X-RAY DIFFRACTION87
2.4858-2.58530.28451270.25512546X-RAY DIFFRACTION90
2.5853-2.70290.31061300.24882581X-RAY DIFFRACTION91
2.7029-2.84540.29741380.23082589X-RAY DIFFRACTION92
2.8454-3.02360.26521440.22262669X-RAY DIFFRACTION94
3.0236-3.2570.2541430.20772724X-RAY DIFFRACTION96
3.257-3.58450.26141460.1862813X-RAY DIFFRACTION98
3.5845-4.10280.21251500.16982830X-RAY DIFFRACTION99
4.1028-5.16730.19861530.15732880X-RAY DIFFRACTION99
5.1673-39.96930.19781570.21062984X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44360.5717-0.00583.3581-0.55661.2132-0.05720.0909-0.0827-0.24560.0165-0.12030.14090.079300.51010.02060.00980.573-0.01570.48797.9185-16.392814.1721
21.79760.76830.02253.7029-0.24371.6887-0.02440.0758-0.0157-0.27770.0046-0.1338-0.0610.035400.5223-0.00880.01290.5720.00860.51131.167920.733814.4282
30000000000000000.63330.08940.04980.65830.03520.658216.6586-10.363417.2402
40.0097-0.0069-0.01150.00340.00610.00160.08630.11510.02490.12540.01040.19660.03160.1926-00.4937-0.1022-0.06680.50650.02210.532212.8922-6.074621.544
5-0.0153-0.0032-0.00380.01780.04280.0994-0.0464-0.0583-0.0512-0.02050.03120.0018-0.0222-0.0895-00.46290.08240.02240.45370.07370.457814.4242-18.119926.3725
6-0.0134-0.00050.0162-0.004-0.01460.0839-0.1355-0.215-0.036-0.0131-0.01420.0234-0.03710.02610.00010.47130.01490.05350.4981-0.04990.507624.774222.92826.5759
7-0.00110.00250.00170.00660.002-0.00110.0777-0.128-0.1110.0909-0.1472-0.0993-0.0788-0.10840.00010.5661-0.0391-0.03090.47530.02830.484325.883310.59422.4961
82.00011.99982.00022.000322.0002-0.4642-0.0018-0.72131.61390.0149-5.32942.448-0.20050.45140.90190.13060.02741.2090.08520.856221.210721.57172.1141
90000000000000-000.5419-0.1445-0.00410.5587-0.08340.584222.291915.007717.8493
102.0002222.00021.99972.0002-1.34-0.6875-2.76193.8081-0.0745-2.62112.52910.68951.42060.8475-0.1830.09341.29040.57290.521117.7568-17.88251.8565
112.00012.00011.99981.99971.99972.0001-1.44190.21661.45710.0738-0.0476-0.1669-1.53650.18661.47790.83870.0926-0.12710.96820.09420.774.2834.246522.2496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 16:364 )A16 - 364
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 16:364 )B16 - 364
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 369:369 )A369
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 370:370 )A370
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 371:371 )A371
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 372:372 )B372
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 371:371 )B371
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 369:369 )B369
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 370:370 )B370
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 372:372 )A372
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 374:374 )A374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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