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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k36 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of B/Perth Neuraminidase | |||||||||
![]() | Neuraminidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / INFLUENZA / NEURAMINIDASE / MUTATION / RESISTANCE / Cell membrane / Glycosidase / Membrane / Transmembrane / Virion | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Oakley, A.J. / McKimm-Breschkin, J.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Basis of Resistance to Neuraminidase Inhibitors of Influenza B Viruses. 著者: Oakley, A.J. / Barrett, S. / Peat, T.S. / Newman, J. / Streltsov, V.A. / Waddington, L. / Saito, T. / Tashiro, M. / McKimm-Breschkin, J.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 78 - 466 / Label seq-ID: 9 - 397
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43824.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 70-466 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: B/Perth/211/2001 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q3S340, exo-alpha-sialidase #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 326分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 % |
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結晶化 | 温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Na2SO4, 20% w/v PEG3350, 0.1M bis-Tris propane, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月28日 / 詳細: BEAMLINE OPTICS |
放射 | モノクロメーター: BEAMLINE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95361 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. all: 34306 / Num. obs: 34306 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 20.979 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 12265 / % possible all: 77.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 7NN9 解像度: 2.2→98.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 6.133 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→98.53 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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