PDB-3k33: Crystal structure of the Phd-Doc complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k33

タイトル

Crystal structure of the Phd-Doc complex

要素

Death on curing protein
Polypeptide of unknown amino acids and source
Prevent host death protein

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / Phd / Doc / Fic / toxin / antitoxin / intrinsic disorder / allostery / transcription regulation / ribosome inhibitor / TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

killing by virus of host cell by post-segregational killing / symbiont-mediated suppression of host translation / toxin sequestering activity / DNA-binding transcription repressor activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P1 (ファージ)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Loris, R. / Garcia-Pino, A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Allostery and intrinsic disorder mediate transcription regulation by conditional cooperativity.
著者: Garcia-Pino, A. / Balasubramanian, S. / Wyns, L. / Gazit, E. / De Greve, H. / Magnuson, R.D. / Charlier, D. / van Nuland, N.A. / Loris, R.

履歴

登録	2009年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k33.cif.gz	142.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k33.ent.gz	110 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k33_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k33_full_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示
XML形式データ	3k33_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	3k33_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/3k33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hryC 3hs2C 3dd7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	22174 3bdl-2 6ka7-d 4wmf-d 1ded-d 2ard-1 1z4u-2 1v3l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Death on curing protein

B: Prevent host death protein

C: Prevent host death protein

D: Prevent host death protein

E: Polypeptide of unknown amino acids and source

ヘテロ分子

39.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Death on curing protein

B: Prevent host death protein

C: Prevent host death protein

D: Prevent host death protein

ヘテロ分子

A: Death on curing protein

B: Prevent host death protein

C: Prevent host death protein

D: Prevent host death protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.3 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Polypeptide of unknown amino acids and source

ソフトウェアが定義した集合体
1.04 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.295, 48.295, 347.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-138- HOH

詳細

The biological unit is a heterooctamer consisting of a linear array with architecture Phd-Phd-Doc-Phd-Phd-Doc-Phd-Phd

#1: タンパク質	Death on curing protein 分子量: 13603.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ) 遺伝子: doc / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06259
#2: タンパク質	Prevent host death protein 分子量: 8143.076 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ) 遺伝子: phd / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06253
#3: タンパク質・ペプチド	Polypeptide of unknown amino acids and source 分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: unidentified (未定義)
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 100 mM Sodium acetate pH 4.5, 20 mM CaCl2 and 35-40% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42 Å / Num. obs: 19121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / R_sym value: 0.224 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MAR345dtb	データ収集
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3DD7

3dd7

解像度: 2.4→41.825 Å / SU ML: 1.76 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2848	965	5.05 %
R_work	0.2569	-	-
obs	0.2583	19121	97.39 %
all	-	19121	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.973 Å² / k_sol: 0.297 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.825 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2447	0	8	187	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	3349
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.39	848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.233	387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	456

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.5265	0.3148	134	0.2515	2464	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5265-2.6848	0.2661	132	0.2475	2537	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6848-2.892	0.2897	148	0.2544	2480	X-RAY DIFFRACTION	97
2.892-3.183	0.2646	128	0.2531	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
3.183-3.6433	0.31	136	0.2403	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6433-4.5893	0.2495	135	0.2262	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5893-41.831	0.2889	152	0.2839	2859	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	refined	4.8999	0.9644	-1.4729	1.8857	-1.2941	6.5756	-0.527	-0.1301	-0.5753	0.302	0.4518	-0.4111	0.9549	-0.348	-0.2609	0.1711	0.0891	0.0044	0.1073	0.0842	0.1069	-26.52	-5.3573	51.5294
2		0.998	-0.1329	-0.0228	0.6541	0.7066	3.0761	0.324	0.0544	-0.2053	-0.068	0.3265	-0.1608	0.0741	-0.8174	-0.5022	0.209	0.0296	0.0802	0.3308	0.1649	0.328
3		1.4244	-1.3409	0.2457	2.551	0.5128	0.7413	0.0637	0.1323	0.101	0.2711	0.0665	-0.2582	0.0753	0.3175	-0.103	0.159	-0.0313	-0.0142	0.1541	0.0165	0.1648
4		0.1441	-0.8546	-0.0223	1.4576	-0.5669	-0.0782	0.1005	0.0295	0.2221	0.2485	0.035	0.2191	0.1497	-0.0484	-0.0766	0.1625	0.0331	0.0175	0.1853	0.014	0.154
5		1.2911	0.6852	0.1447	0.9563	-0.101	1.427	-0.0494	-0.2825	0.3575	-0.1332	0.1161	0.3153	-0.4137	-0.0879	-0.0786	0.1603	0.077	-0.0211	0.1277	-0.043	0.1379
6		0.6721	-0.2865	0.0771	0.439	-0.9721	1.2997	-0.1861	0.0689	0.3405	-0.0597	0.1773	0.0712	-0.8467	-0.1046	0.0567	0.3093	0.0537	0.0191	0.2395	0.0264	0.2923
7		6.8241	1.7604	2.6058	-1.7491	-3.0753	-0.9166	1.7193	-1.69	-1.5371	1.5783	-0.9486	0.0831	-1.2034	-0.4362	-0.6932	1.1345	0.1318	0.043	0.7243	0.1463	0.5174
8		0.395	-0.0416	0.6424	2.7916	0.6539	1.3383	0.7583	0.3873	1.7184	1.535	0.0475	0.4385	-0.1822	0.2761	-0.402	0.55	0.0741	0.0197	0.5453	0.0583	0.6241
9		0.4147	-0.5278	-0.0567	3.5781	-1.2887	0.6938	-0.2726	-0.2315	-0.0212	1.338	0.144	0.0406	-0.6193	-0.132	0.1172	0.3286	0.1414	0.091	0.2358	0.0705	0.2066
10		3.327	1.0162	-0.512	2.1852	-0.4217	0.7539	-0.4409	0.4495	-0.3066	0.3869	0.3387	0.979	-0.5185	-0.3177	-0.0649	0.2232	0.1667	0.0493	0.3371	0.133	0.3901
11		6.3297	-1.8658	0.4089	1.3883	-0.1159	2.2948	0.4572	0.2209	-1.6371	0.0617	-0.2382	0.6037	0.2737	0.152	-0.0731	0.0967	0.0149	-0.0418	0.0845	-0.1101	0.3712
12		1.0626	-0.0956	-1.1286	1.813	0.6918	0.9943	0.2524	0.3481	-0.5368	-0.4324	-0.2696	0.1805	-0.0352	0.0183	-0.2022	0.1373	0.0627	-0.1123	0.0987	-0.0555	0.1839
13		0.0469	-0.5529	0.7667	0.3953	1.1707	-0.3375	0.0153	-0.0563	0.0502	-0.1032	0.0129	-0.2016	-0.0775	0.0121	-0.0525	0.1182	-0.0096	0.0098	0.1737	0.0247	0.105
14		1.5396	0.0044	-0.3617	1.2032	-0.804	-0.6307	0.4618	1.6011	0.1171	-2.7802	1.4135	0.3674	-0.1835	-0.6265	-1.2223	0.8165	-0.0747	-0.1452	0.8408	-0.109	0.5036
15		8.3354	-1.1815	0.861	2.0101	0.8148	5.5583	-0.2468	-1.5221	-1.1628	-0.0844	0.2283	0.6354	-0.959	0.6578	0.2768	0.7736	0.334	0.011	1.3073	-0.106	0.6494
16		6.6933	-0.413	-0.4208	-0.53	-0.0304	6.8711	0.5086	0.759	0.9696	-0.146	-0.3211	-1.6363	1.5476	1.3215	-0.1894	0.6097	0.1784	-0.0509	0.528	0.0074	0.4085
17		3.8553	0.5324	-0.1071	4.2203	0.0392	3.1509	-1.0893	-0.3814	-0.6722	1.278	0.6932	1.4406	0.5527	-0.0753	0.5703	0.5664	0.1961	0.3044	0.5404	0.0813	0.7813
18		4.5043	-1.5026	-1.2096	1.7345	-0.0356	-1.9445	0.3027	-0.0236	-0.2424	1.6028	0.2233	-0.2135	-0.3608	0.2832	-0.513	0.9386	0.0944	0.0672	0.5568	-0.0604	0.2273
19		4.1723	1.2333	-1.1291	0.867	1.7467	2.0781	0.8463	-0.7252	0.8393	0.2457	1.4381	-0.0582	0.0397	0.2067	-1.6285	0.8197	0.0568	-0.2778	0.5399	0.105	0.4795
20		1.0152	0.5205	-0.1409	1.8071	0.1446	0.4522	1.0728	-0.8065	-0.4475	-1.4065	-0.4262	-1.3342	1.1442	-1.0719	-0.2789	2.4981	0.3772	-0.2737	0.899	0.2284	0.417
21		3.0153	1.5544	-3.5109	0.8797	-0.1076	2.0013	-0.7128	-0.6756	0.0798	0.1691	-0.184	0.5418	1.8941	1.1988	0.5122	0.5358	-0.2863	-0.0623	0.9066	0.0802	0.2923

精密化 TLSグループ

Selection details: chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)