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万見
- PDB-3k2s: Solution structure of double super helix model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2s
タイトルSolution structure of double super helix model
要素Apolipoprotein A-I
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / super double helix / amphipathic / Amyloid / Amyloidosis / Atherosclerosis / Cholesterol metabolism / Disease mutation / Glycation / Glycoprotein / HDL / Lipid metabolism / Lipid transport / Lipoprotein / Neuropathy / Palmitate / Secreted / Steroid metabolism / Transport / HIGH DENSITY LIPOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / Scavenging by Class B Receptors / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport ...Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / spherical high-density lipoprotein particle / Scavenging by Class B Receptors / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport / blood vessel endothelial cell migration / cholesterol import / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / apolipoprotein A-I receptor binding / ABC transporters in lipid homeostasis / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of cytokine production involved in immune response / HDL assembly / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / glucocorticoid metabolic process / acylglycerol homeostasis / phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid efflux / chylomicron / high-density lipoprotein particle remodeling / reverse cholesterol transport / positive regulation of cholesterol metabolic process / lipid storage / high-density lipoprotein particle assembly / phospholipid homeostasis / chemorepellent activity / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / endothelial cell proliferation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / HDL remodeling / cholesterol efflux / adrenal gland development / Scavenging by Class A Receptors / triglyceride homeostasis / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative chemotaxis / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / amyloid-beta formation / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of cholesterol efflux / endocytic vesicle / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Scavenging of heme from plasma / Retinoid metabolism and transport / cholesterol metabolic process / positive regulation of stress fiber assembly / heat shock protein binding / endocytic vesicle lumen / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / cholesterol homeostasis / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / Heme signaling / PPARA activates gene expression / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / amyloid-beta binding / extracellular vesicle / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / blood microparticle / early endosome / protein stabilization / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / receptor ligand activity / signaling receptor binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-POV / Apolipoprotein A-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / NUCLEAR REACTOR
データ登録者Wu, Z. / Gogonea, V. / Lee, X. / Wagner, M.A. / Li, X.-M. / Huang, Y. / Undurti, A. / May, R.P. / Haertlein, M. / Moulin, M. ...Wu, Z. / Gogonea, V. / Lee, X. / Wagner, M.A. / Li, X.-M. / Huang, Y. / Undurti, A. / May, R.P. / Haertlein, M. / Moulin, M. / Gutsche, I. / Zaccai, G. / Didonato, J.A. / Hazen, L.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Double superhelix model of high density lipoprotein.
著者: Wu, Z. / Gogonea, V. / Lee, X. / Wagner, M.A. / Li, X.M. / Huang, Y. / Undurti, A. / May, R.P. / Haertlein, M. / Moulin, M. / Gutsche, I. / Zaccai, G. / Didonato, J.A. / Hazen, S.L.
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein A-I
B: Apolipoprotein A-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,990222
ポリマ－56,2412
非ポリマー159,748220
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein A-I / Apo-AI / ApoA-I / Apolipoprotein A-I(1-242)


分子量: 28120.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02647
#2: 化合物...
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / 詳細: POPC / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱 / 使用した結晶の数: 1

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データ収集

回折平均測定温度: 279 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / タイプ: OTHER / 波長: 5 Å
検出器検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2008年10月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 5 Å / 相対比: 1
反射 シェル最高解像度: 5 Å
Soln scatter

Conc. range: 2-4 / Data analysis software list: PRIMUS, GNOM, DAMMIN / Data reduction software list: ILL IN-HOUSE PACKAGE / 検出器タイプ: AREA / Num. of time frames: 3 / Sample pH: 7.4 / Source beamline: NEUTRON CAMERA FOR REACTOR SOURCE / Source beamline instrument: D22 (LOQ) / Source class: N / Source type: ILL / 温度: 301 K / タイプ: neutron

IDBuffer nameMean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Protein length
1PBS IN 12% D2O5.130.0417.3
2PBS IN 42% D2O3.970.0515.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ILLsoftwareデータ収集
PRIMUSモデル構築
GNOMモデル構築
DAMMINモデル構築
GROMACS精密化
SASSIM精密化
DEXANAL精密化
ILLsoftwareデータ削減
ILLsoftwareデータスケーリング
PRIMUS位相決定
GNOM位相決定
DAMMIN位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3960 0 10960 0 14920
Soln scatter model手法: CONSTRAINED SCATTERING FITTING OF HOMOLOGY MODELS
コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE THEN RANKED USING A ...コンフォーマー選択の基準: THE MODELLED SCATTERING CURVES WERE ASSESSED BY CALCULATION OF THE RG IN THE SAME Q RANGES USED IN THE EXPERIMENTAL GUINIER FITS. MODELS WERE THEN RANKED USING A GOODNESS-OF-FIT CHI SQUARE-FACTOR DEFINED BY THE DIFFERENCE BETWEEN THE CALCULATED AND EXPERIMENTAL SCATTERING INTENSITIES AND BASED ON THE EXPERIMENTAL CURVES IN THE Q RANGE EXTENDING TO 2.4 NM-1 (PROTEIN) AND 2.1 NM-1 (LIPID).
詳細: AN ALL ATOM COMPUTATIONAL MODEL WAS CONSTRUCTED BY COMBINING MOLELING WITH CONRAST VARIATION SANS, HYDROGEN-DEUTERIUM EXCHANGE (H/D-MS/MS), AND DISTANCE CONSTRAINTS FROM CROSS-LINKING, ...詳細: AN ALL ATOM COMPUTATIONAL MODEL WAS CONSTRUCTED BY COMBINING MOLELING WITH CONRAST VARIATION SANS, HYDROGEN-DEUTERIUM EXCHANGE (H/D-MS/MS), AND DISTANCE CONSTRAINTS FROM CROSS-LINKING, FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER AND ELECTRON SPIN RESONANCE. SANS LOW RESOLUTION STRUCTURES (12% AND 42% D2O) WERE USED AS SCAFFOLDS TO BUILD MOLECULAR MODELS FOR PROTEIN AND LIPID COMPONENTS OF NASCENT HDL. 256 MODELS WERE GENERATED AND ASSESSED USING GOODNESS-OF-FIT WITH BOTH SANS AND H/D-MS/MS DATA. THE NEUTRON SCATTERING CURVE I(Q) WAS CALCULATED ASSUMING ALL ATOM STRUCTURE, AND WITH CORRECTIONS FOR WAVELENGTH SPREAD AND BEAM DIVERGENCE.
Entry fitting list: THE DOUBLE BELT MODEL (SEGREST JP, JBC 274, 31755 (1999))
Num. of conformers calculated: 256 / Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1
Software author list: LINDAHL E, SALI A, DELANO WL, MERZEL F, RICHARDS RM, SVERGUN DI
Software list: GROMACS, MODELLER, PYMOL, SASSIM, YALE:VOLUME/ACCESS, PRIMUS, GNOM, DAMMIN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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