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- PDB-3k1n: Crystal Structure of full-length BenM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1n
タイトルCrystal Structure of full-length BenM
要素HTH-type transcriptional regulator benM
キーワードTRANSCRIPTION / HTH / LysR-type transcriptional regulator / Activator / Aromatic hydrocarbons catabolism / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / HTH-type transcriptional regulator BenM
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Ruangprasert, A. / Momany, C. / Neidle, E.L. / Craven, S.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Full-length BenM
著者: Ruangprasert, A. / Craven, S.H. / Neidle, E.L. / Momany, C.
履歴
登録2009年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator benM
B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4996
ポリマ－71,2902
非ポリマー2094
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,99812
ポリマ－142,5804
非ポリマー4188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z+1/21
crystal symmetry operation4_645x+1,-y-1,-z1
Buried area9260 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area58660 Å2
手法PISA
3
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,99812
ポリマ－142,5804
非ポリマー4188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z+1/21
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area11050 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area56860 Å2
手法PISA
4
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4996
ポリマ－71,2902
非ポリマー2094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z+1/21
Buried area3300 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area30660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.240, 70.100, 187.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-608-

HOH

21B-619-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator benM / Ben and cat operon transcriptional regulator


分子量: 35645.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 遺伝子: ACIAD1435, benM, benR / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68014
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microbatch under oil / pH: 9
詳細: Precipitant: 35% v/v iso-propanol, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 0.2 M Ammonium acetate. Protein: 30 mM Tris base pH 9.0, 0.5 M NaCl, 10% glycerol, 250 mM imidazole, 10 mM BME, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.575
11K, H, -L20.425
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 17220 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 32.715 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Χ2: 2.213 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.99→3.11 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / Num. unique all: 1732 / Rsym value: 0.304 / Χ2: 1.505 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F97

2f97


解像度: 2.99→39.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.358 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY Twin refinement performed with two domains, twin fraction 0.575
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 875 5.2 %RANDOM
Rwork0.155 ---
all0.156 16796 --
obs0.156 16796 86.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.14 Å2 / Biso mean: 32.715 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.89 Å20 Å20 Å2
2--16.23 Å20 Å2
3----24.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→39.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 12 263 5135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.9846734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3895606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75423.767223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.32515895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3511536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.51763042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8784946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94331930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5254.51788
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.069 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.168 65 -
Rwork0.2 1065 -
all-1130 -
obs--82.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5598-4.7147-1.54583.27261.15429.75210.0248-0.31490.89820.35120.2959-0.8112-0.62521.1571-0.32070.6091-0.1085-0.17420.2428-0.16680.643441.849-13.76727.419
23.65884.3015-4.00915.4312-4.89054.47940.03390.2650.0541-0.17630.0182-0.02280.0893-0.1316-0.05210.5087-0.0005-0.27160.6606-0.17180.726549.023-16.94531.385
311.1094-7.13993.8485.4916-0.86484.2039-0.1214-0.16090.73070.22810.4846-0.84630.24570.621-0.36320.5786-0.0171-0.02760.34250.01730.647841.734-25.39623.517
41.79591.5271.71612.92810.65822.0404-0.0266-0.52310.26690.2659-0.25620.2885-0.2972-0.58830.28280.9140.1847-0.01370.4375-0.17510.432623.629-8.54416.47
50.1068-0.22150.15940.5201-0.69352.6567-0.1243-0.0665-0.08540.27660.12130.1639-0.1770.32670.0030.45360.03290.00380.17440.01620.383717.092-19.8780.715
63.1684-0.5250.10720.60720.66295.3947-0.20720.09240.08130.09170.050.0339-0.3248-0.42710.15720.4880.00080.00080.0730.00950.23727.576-15.203-2.076
71.4039-1.1399-0.68196.35941.20610.43420.02980.05740.13880.22040.0853-0.251-0.00480.0505-0.11510.41440.0028-0.02720.1766-0.03570.210420.216-26.25-13.663
80.8863-0.2699-0.29062.0493-0.582.54510.04170.12020.03290.00120.04840.20210.0308-0.2177-0.09010.40780.0231-0.00940.1147-0.00170.255915.479-37.317-16.926
90.7312-0.51250.02642.35890.58850.4034-0.0089-0.01330.1306-0.13550.0957-0.0912-0.13260.1586-0.08680.3781-0.0417-0.00290.1311-0.00410.235519.172-23.515-8.36
1011.2434-2.3302-5.32815.6504-0.52263.20690.23260.87890.89490.0964-0.3318-0.8574-0.2185-0.3760.09920.65070.0862-0.14580.5868-0.12910.631526.179-12.695-8.821
115.2947-3.3361-2.99927.472-1.01599.10490.0059-0.26970.30.2218-0.2254-0.0516-0.2248-0.07030.21950.51540.04840.03720.13490.06430.332547.042-66.186-57.413
123.4415-2.9246-0.33997.9566-1.89850.9183-0.2075-0.21540.0293-0.1167-0.0247-0.72740.14870.08570.23220.5367-0.0109-0.00360.21810.08730.266950.363-62.027-66.349
131.9023-2.7212-2.72323.89423.89763.903-0.0422-0.06020.0890.10840.106-0.09790.11180.0461-0.06380.87960.0581-0.02150.4472-0.10780.578831.291-33.886-60.93
143.6228-1.0397-0.7361.4540.40572.41060.1190.12160.034-0.03370.0730.1606-0.1998-0.1922-0.1920.3750.00150.00170.1235-0.00270.238415.188-18.777-47.793
154.31180.0605-0.93263.9175-0.83693.38620.02250.14280.0703-0.49170.09670.29670.39930.168-0.11920.34340.0047-0.02860.0894-0.05060.169519.511-27.67-49.241
162.2297-3.1558-1.60475.16761.09733.1983-0.3016-0.1284-0.00530.42370.139-0.08620.32730.06340.16260.3565-0.0499-0.02970.17690.0310.26520.042-26.648-37.293
172.6716-0.09361.11361.3066-0.20932.1806-0.0055-0.1766-0.1820.17450.12670.0530.04780.0655-0.12120.37070.02090.01030.1233-0.02980.2569-1.498-19.353-30.012
182.20860.54351.11730.79970.28024.2032-0.0733-0.10160.08340.05520.03090.1525-0.0786-0.05030.04230.36670.02450.03460.0809-0.04290.2834-3.053-13.525-36.361
193.2819-1.2764-1.48683.21761.62151.7553-0.0312-0.3190.0925-0.18760.04-0.2508-0.10710.3648-0.00880.3511-0.027-0.03590.1885-0.0090.222524.019-18.75-41.053
208.26570.1221-6.73468.6853-0.89619.470.1769-1.22550.668-0.3730.5721-0.6038-0.07681.2046-0.74910.4812-0.0643-0.09370.2516-0.15940.220725.579-12.248-38.035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2A16 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3A56 - 67
4X-RAY DIFFRACTION4A68 - 92
5X-RAY DIFFRACTION5A93 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6A113 - 155
7X-RAY DIFFRACTION7A156 - 169
8X-RAY DIFFRACTION8A170 - 232
9X-RAY DIFFRACTION9A233 - 294
10X-RAY DIFFRACTION10A295 - 303
11X-RAY DIFFRACTION11B1 - 43
12X-RAY DIFFRACTION12B44 - 81
13X-RAY DIFFRACTION13B82 - 92
14X-RAY DIFFRACTION14B93 - 112
15X-RAY DIFFRACTION15B113 - 137
16X-RAY DIFFRACTION16B138 - 160
17X-RAY DIFFRACTION17B161 - 229
18X-RAY DIFFRACTION18B230 - 263
19X-RAY DIFFRACTION19B264 - 295
20X-RAY DIFFRACTION20B296 - 305

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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