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- PDB-3k1m: Crystal Structure of full-length BenM, R156H mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1m
タイトルCrystal Structure of full-length BenM, R156H mutant
要素HTH-type transcriptional regulator benM
キーワードTRANSCRIPTION / HTH / LysR-type transcripational regulator / Activator / Aromatic hydrocarbons catabolism / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


catabolic process / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / HTH-type transcriptional regulator BenM
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Ruangprasert, A. / Momany, C. / Neidle, E.L. / Craven, S.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Full-length BenM
著者: Ruangprasert, A. / Craven, S.H. / Neidle, E.L. / Momany, C.
履歴
登録2009年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator benM
B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6458
ポリマ－71,2522
非ポリマー3936
水9,152508
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,29016
ポリマ－142,5044
非ポリマー78712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z+1/21
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area12060 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area56750 Å2
手法PISA
3
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,29016
ポリマ－142,5044
非ポリマー78712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z+1/21
crystal symmetry operation4_645x+1,-y-1,-z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area58620 Å2
手法PISA
4
A: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator benM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6458
ポリマ－71,2522
非ポリマー3936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z+1/21
Buried area3770 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area30640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.997, 70.789, 186.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator benM / Ben and cat operon transcriptional regulator


分子量: 35625.984 Da / 分子数: 2 / 変異: R156H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 遺伝子: ACIAD1435, benM, benR / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O68014
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microbatch under oil
詳細: 5mcL precipitant and 4 mcL protein solution. Precipitant: 80% Crystal Screen 2 (CS-2, Hampton Research) condition 31, 20% CS-2 condition 26 Protein: 30 mM Tris, 0.5 M NaCl, 10% glycerol, 250 ...詳細: 5mcL precipitant and 4 mcL protein solution. Precipitant: 80% Crystal Screen 2 (CS-2, Hampton Research) condition 31, 20% CS-2 condition 26 Protein: 30 mM Tris, 0.5 M NaCl, 10% glycerol, 250 mM imidazole, 10 mM mercaptolethanol, pH 9.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.614
11K, H, -L20.386
反射解像度: 2.29→100 Å / Num. obs: 41907 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 25.981 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 2.113 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.29→2.34 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.81 / Num. unique all: 2078 / Rsym value: 0.507 / Χ2: 1.325 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 38.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.98 Å48.27 Å
Translation2.98 Å48.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F97

2f97


解像度: 2.29→49.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.181 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY Twin refinement performed with two domains, twin fraction 0.614
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 2116 5.1 %RANDOM
Rwork0.147 ---
all0.148 41729 --
obs0.148 41729 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.54 Å2 / Biso mean: 25.981 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.18 Å20 Å20 Å2
2--15.41 Å20 Å2
3----24.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→49.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4836 0 24 508 5368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.9836821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9495623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77523.947228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94215915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2671534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.98763055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.74684976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.95631975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3694.51835
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.343 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 117 -
Rwork0.196 2011 -
all-2128 -
obs--69.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.0821-6.51836.684815.9875-0.63384.4028-0.6133-0.17660.77090.54140.7906-1.6101-0.17180.1453-0.17720.2402-0.1556-0.22460.4315-0.16150.758141.174-13.90127.806
29.79176.89440.148814.3864-1.49114.91040.8296-0.6940.64310.355-0.2191-0.9324-0.52421.2348-0.61050.3114-0.179-0.1150.8481-0.32621.037147.736-15.04931.498
320.54441.22889.08254.4027-2.037913.94880.5444-1.1447-0.48770.6372-0.6547-1.7358-0.27242.00740.11030.24860.0988-0.31321.1399-0.14131.566551.149-25.40127.346
47.183-2.64231.672311.8446-5.72483.73280.40430.51360.2293-0.8225-0.5767-0.88490.22430.65420.17240.2938-0.15360.08230.3847-0.10290.479738.797-23.27422.206
56.8932-8.14333.015712.6633-4.56395.06250.37890.2399-0.2513-0.8155-0.2523-0.0063-0.6418-0.0036-0.12660.5298-0.07780.02390.2642-0.06430.356927.786-9.01418
68.4355-2.4977-1.098721.875812.373315.773-0.4114-1.28411.40121.51180.2741-0.2068-0.3909-0.29610.13730.97130.0637-0.03060.3768-0.23220.54159.332-5.75511.042
73.7307-0.8583-0.18652.3946-0.02393.1035-0.0766-0.2420.14440.33270.0049-0.0696-0.109-0.05910.07170.2852-0.0152-0.0050.12170.03810.226413.863-18.0132.291
82.7793-0.63910.30392.51080.04745.57620.00840.22780.0226-0.0574-0.13560.2472-0.3553-0.78020.12710.19620.0209-0.01180.15630.0170.17964.747-15.083-7.477
91.7236-2.9273-0.43078.50971.19591.71420.17670.20560.2313-0.346-0.2404-0.616-0.12080.14820.06370.15880.00070.0130.17010.03430.204323.809-31.79-15.007
101.027-0.0140.11012.6918-1.75793.71460.03870.1684-0.1045-0.18640.0780.38780.1272-0.3639-0.11660.17950.0104-0.00250.12880.01680.251812.983-37.176-15.939
111.8884-1.02520.66453.2086-1.13684.6640.02320.0963-0.0144-0.0875-0.0975-0.09550.01240.17940.07430.16590.00530.03420.13310.02920.229623.517-37.684-10.033
123.6451-1.8478-3.70053.20663.61975.55760.13720.25580.0258-0.4123-0.32270.1363-0.3896-0.27670.18560.29850.0116-0.04290.18170.06860.189614.121-17.441-13.568
137.7142-6.8385-1.32017.81071.89021.79530.12050.37830.8072-0.1513-0.007-0.6548-0.5370.2207-0.11350.4117-0.1546-0.02950.21940.08350.283418.692-7.766-2.577
1431.006-1.3182-7.099121.447-6.223922.78350.06640.88461.0761-1.1948-0.6487-0.8587-0.6799-0.25440.58230.47130.0238-0.12530.3583-0.16380.512829.706-15.703-6.974
1513.37276.69037.686218.9697-1.57618.11-0.81523.27782.43951.2734-0.71960.54250.61854.3581.53482.39051.0804-0.01232.67880.72632.674419.421-5.44-9.947
164.3175-1.6428-0.015310.195-3.45386.74410.1795-0.30360.33371.0711-0.0884-0.046-0.5660.2293-0.09110.5072-0.01120.11490.19320.03990.328248.634-63.811-57.564
173.2352-0.55770.011511.7338-0.58138.09720.11-0.44640.18981.36780.09840.5705-0.492-0.058-0.20840.51090.01570.16450.23070.06980.330145.787-68.881-54.074
186.00043.04080.291412.4751-0.34975.29370.261-0.2724-0.75320.0045-0.2758-0.47930.61720.20440.01480.5451-0.02030.06940.2890.11760.356751.43-73.107-63.387
194.651-1.2085-0.081311.6597-0.97144.21580.22370.36960.136-0.7019-0.4095-0.58240.2450.33990.18580.4122-0.05260.09890.32350.11750.275551.538-62.239-67.807
209.32341.265-1.947217.4271-2.129512.8537-0.0695-0.79060.57160.69850.20781.0763-0.713-0.5967-0.13830.291-0.08330.04280.33430.0240.23937.725-43.683-64.311
2112.4063-1.0232-2.561610.6822-0.26188.27220.14181.1637-0.5257-1.2159-0.1985-1.08220.31840.7510.05670.23930.0360.03990.3498-0.05180.267324.944-28.524-55.04
223.7974-0.74960.48184.0924-1.06542.574-0.12410.4104-0.0194-0.17370.07390.02820.09940.1710.05010.1661-0.0289-0.01660.196-0.01640.139317.154-22.813-48.478
234.6886-2.0228-0.76342.3053-0.87655.4001-0.274-0.0036-0.22260.24160.08110.03060.40130.25060.19290.18230.01330.02870.13590.01690.175620.474-30.238-38.297
249.8928-2.4934-0.32181.90850.05451.386-0.2925-0.64830.5830.26120.2065-0.0219-0.36870.0220.08590.28830.0138-0.04540.1273-0.01840.18251.89-11.269-31.157
253.57310.51811.51591.7275-0.63613.07130.0498-0.1719-0.41840.10390.02910.12450.2253-0.1438-0.07890.18980.033-0.01520.14950.01880.24180.154-22.646-28.701
262.44421.22322.12871.64011.95047.42860.2227-0.3021-0.4170.2629-0.05590.06130.6486-0.5536-0.16680.19620.0389-0.01770.15970.09470.3516-2.407-25.842-27.463
278.1344-2.32541.15216.10631.05555.5965-0.1915-0.0117-0.53640.15110.12050.42020.3422-0.24980.0710.2332-0.06080.03550.1412-0.06040.2412-7.438-20.104-39.657
281.2385-0.1339-0.4130.70070.10190.7606-0.1606-0.05530.08990.09570.04320.0755-0.14020.05130.11740.17450.016-0.02750.1123-0.00880.15133.973-14.194-34.668
295.5823-1.6304-1.60375.5679-0.08883.5453-0.09830.01080.14210.08210.044-0.6514-0.12350.51950.05420.0996-0.0341-0.01810.27590.00390.178227.592-19.235-43.665
306.4425-4.5196-3.47998.63253.23713.33660.0029-0.33360.3201-0.3260.2261-0.768-0.10970.6747-0.2290.33040.0045-0.00530.4362-0.01810.280924.77-10.962-38.961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2A15 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3A48 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4A62 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5A69 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6A87 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7A93 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8A133 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9A155 - 180
10X-RAY DIFFRACTION10A181 - 237
11X-RAY DIFFRACTION11A238 - 261
12X-RAY DIFFRACTION12A262 - 276
13X-RAY DIFFRACTION13A277 - 294
14X-RAY DIFFRACTION14A295 - 299
15X-RAY DIFFRACTION15A300 - 304
16X-RAY DIFFRACTION16B1 - 22
17X-RAY DIFFRACTION17B23 - 40
18X-RAY DIFFRACTION18B41 - 54
19X-RAY DIFFRACTION19B55 - 73
20X-RAY DIFFRACTION20B74 - 87
21X-RAY DIFFRACTION21B88 - 94
22X-RAY DIFFRACTION22B95 - 135
23X-RAY DIFFRACTION23B136 - 155
24X-RAY DIFFRACTION24B156 - 180
25X-RAY DIFFRACTION25B181 - 212
26X-RAY DIFFRACTION26B213 - 225
27X-RAY DIFFRACTION27B226 - 239
28X-RAY DIFFRACTION28B240 - 273
29X-RAY DIFFRACTION29B274 - 294
30X-RAY DIFFRACTION30B295 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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