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- PDB-3k1h: Crystal structure of HP1076 from H.pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1h
タイトルCrystal structure of HP1076 from H.pylori
要素Putative uncharacterized protein
キーワードCHAPERONE / FliS interacting protein / hypothetical protein
機能・相同性Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / FLiS export co-chaperone, HP1076 superfamily / Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / Arylsulfatase, C-terminal domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Lam, W.W.L. / Ling, T.K.W. / Woo, E.J. / Au, S.W.N.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010
タイトル: Molecular interaction of flagellar export chaperone FliS and cochaperone HP1076 in Helicobacter pylori
著者: Lam, W.W.L. / Woo, E.J. / Kotaka, M. / Tam, W.K. / Leung, Y.C. / Ling, T.K.W. / Au, S.W.N.
履歴
登録2009年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9901
ポリマ－17,9901
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.874, 87.202, 60.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-182-

HOH

21A-202-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / HP1076


分子量: 17989.537 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 21-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_1076 / プラスミド: pAc28m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O25709
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 27% PEG 3350, 0.2M Lithium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月26日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 16258 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Num. unique all: 1456 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.74→26.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.698 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23305 819 5 %RANDOM
Rwork0.21006 ---
obs0.21118 15435 98.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.381 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→26.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数906 0 0 82 988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.9961230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6855114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87227.544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67915183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.227152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6821.5572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3422920
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3993342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1794.5310
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.737→1.782 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 55 -
Rwork0.341 997 -
obs--87.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.568 Å / Origin y: 14.602 Å / Origin z: -18.096 Å
111213212223313233
T0.0435 Å2-0.0186 Å20.0037 Å2-0.0124 Å2-0.0052 Å2--0.0116 Å2
L0.9969 °21.2621 °21.3246 °2-1.812 °21.6023 °2--1.7873 °2
S-0.0604 Å °0.0808 Å °-0.0208 Å °-0.014 Å °0.0791 Å °-0.0436 Å °-0.0965 Å °0.1129 Å °-0.0186 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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