PDB-3k10: Crystal structure of telomere capping protein Stn1 from Saccharom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k10

タイトル

Crystal structure of telomere capping protein Stn1 from Saccharomyces cerevisiae

要素

Protein STN1

キーワード

PROTEIN BINDING / winged helix turn helix / telomere capping / Chromosomal protein / Phosphoprotein / Telomere

機能・相同性

機能・相同性情報

CST complex / translation elongation factor binding / regulation of telomere maintenance via telomerase / single-stranded telomeric DNA binding / telomere capping / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / chromosome, telomeric region
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Gelinas, A.D. / Reyes, F.E. / Batey, R.T. / Wuttke, D.S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Telomere capping proteins are structurally related to RPA with an additional telomere-specific domain.
著者: Gelinas, A.D. / Paschini, M. / Reyes, F.E. / Heroux, A. / Batey, R.T. / Lundblad, V. / Wuttke, D.S.

履歴

登録	2009年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k10.cif.gz	47.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k10.ent.gz	35.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k10_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k10_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	3k10_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	3k10_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/3k10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/3k10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k0xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kxr-d 5izh-1 2gen-d 5n88-1 3igm-d 3wwq-1 3sqb-4 4miw-d 3d9t-d 4lgu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein STN1

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.709, 52.709, 186.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein STN1 分子量: 20556.893 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 313-491 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: D4456, STN1, YD8554.15, YDR082W / プラスミド: pET duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38960
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.15	60.97
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
290	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	8.4	15% w/v PEG 1000, 10 mM EDTA, 0.1 M Tris-HCl pH 8.4, 10mM PtCl4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
290	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	8.4	15% w/v PEG 1000, 10 mM EDTA, 0.1 M Tris-HCl pH 8.4, 6mM KAuCl4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93.15	1
2	93.15	1
3	93.15	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU	1	1.502
回転陽極			RIGAKU	2	1.502
シンクロトロン	NSLS	X29A		3	1.0809

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV	1	IMAGE PLATE	2008年8月4日
RIGAKU RAXIS IV	2	IMAGE PLATE	2008年8月4日
ADSC QUANTUM 315r	3	CCD	2009年6月19日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.502	1
2	1.0809	1

Reflection

Av σ(I) over netI: 34.78

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	D res low (Å)	Num. obs	% possible obs
3.83	1	39106	0.081	0.97	3	46.01	10012	98.7
3.26	2	54426	0.122	0.96	2.53	45.96	16557	98.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
6.46	46.01	97	1	0.031	0.93	3.75	249
5.13	6.46	99.5	1	0.065	0.95	3.89	47
4.48	5.13	99.4	1	0.053	0.92	3.87	40
4.07	4.48	99	1	0.066	0.96	3.85	58
3.78	4.07	99	1	0.089	0.96	3.84	40
3.56	3.78	99	1	0.115	0.98	3.82	61
3.38	3.56	98.9	1	0.147	0.96	3.83	60
3.23	3.38	98.5	1	0.181	0.99	3.84	61
3.11	3.23	98.5	1	0.214	1	3.78	73
3	3.11	98.3	1	0.238	1.09	3.81	95
5.45	45.96	98.6	2	0.043	0.85	3.85	211
4.33	5.45	99.9	2	0.074	0.84	3.87	40
3.78	4.33	99.9	2	0.114	0.91	3.84	34
3.43	3.78	99.9	2	0.172	0.93	3.83	37
3.19	3.43	99.9	2	0.239	1.04	3.8	38
3	3.19	100	2	0.288	1.05	3.8	31
2.85	3	100	2	0.325	1.11	3.6	13
2.73	2.85	99.9	2	0.313	1.03	2.46	3
2.62	2.73	96.7	2	0.308	1.02	1.83	2
2.53	2.62	89	2	0.287	0.84	1.48

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 13389 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.494 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	4.6	0.421	429	1.026	35.5
2.38-2.48	7.8	0.431	671	1.14	55.5
2.48-2.59	7.8	0.423	872	2.047	71.9
2.59-2.73	7.7	0.345	1091	1.703	89.4
2.73-2.9	8.4	0.266	1213	1.404	98.1
2.9-3.12	8.8	0.157	1233	1.262	99.8
3.12-3.44	9.1	0.102	1227	1.426	99.8
3.44-3.93	9	0.064	1267	1.729	99.8
3.93-4.95	9.4	0.04	1288	1.541	99.9
4.95-50	9.7	0.032	1419	1.359	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	11.866	0.652	12.579	AU	60	0.52
2	10.862	0.231	15.697	AU	55.8	0.41
3	18.853	14.496	3.652	AU	60	0.2

Phasing dm

FOM : 0.77 / FOM acentric: 0.77 / FOM centric: 0.76 / 反射: 5170 / Reflection acentric: 3855 / Reflection centric: 1315

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.9-40.325	0.82	0.91	0.74	246	114	132
5.5-8.9	0.83	0.86	0.77	741	479	262
4.4-5.5	0.85	0.86	0.82	872	631	241
3.9-4.4	0.81	0.82	0.81	881	676	205
3.3-3.9	0.74	0.74	0.76	1517	1212	305
3.1-3.3	0.61	0.61	0.63	913	743	170

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.742 / σ(F): 1480

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	1406	7.4 %
R_work	0.246	-	-
obs	-	10710	77.3 %

溶媒の処理

B_sol: 47.133 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.95 Å² / B_iso mean: 55.273 Å² / B_iso min: 30.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.923 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	10.923 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.846 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1348	0	0	146	1494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007865
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.32016

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.5-2.53	0.37	30	0.389	263	293
2.53-2.56	0.389	41	0.423	293	334
2.56-2.6	0.379	37	0.393	302	339
2.6-2.63	0.458	29	0.454	358	387
2.63-2.67	0.472	62	0.398	333	395
2.67-2.71	0.389	44	0.392	376	420
2.71-2.75	0.348	49	0.378	452	501
2.75-2.8	0.518	36	0.329	448	484
2.8-2.84	0.356	42	0.333	481	523
2.84-2.9	0.306	40	0.29	525	565
2.9-2.95	0.371	47	0.278	490	537
2.95-3.01	0.369	47	0.332	496	543
3.01-3.08	0.463	63	0.313	512	575
3.08-3.15	0.449	44	0.289	525	569
3.15-3.23	0.342	45	0.319	528	573
3.23-3.31	0.388	49	0.281	530	579
3.31-3.41	0.372	52	0.296	550	602
3.41-3.52	0.298	69	0.278	538	607
3.52-3.64	0.284	50	0.215	512	562
3.64-3.79	0.247	72	0.188	548	620
3.79-3.96	0.283	53	0.236	536	589
3.96-4.17	0.222	44	0.187	557	601
4.17-4.43	0.225	63	0.169	550	613
4.43-4.76	0.254	50	0.181	559	609
4.76-5.24	0.23	51	0.169	555	606
5.24-5.98	0.355	62	0.286	551	613
5.98-7.46	0.273	68	0.282	551	619
7.46-20	0.259	67	0.212	544	611

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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