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- PDB-3jzy: Crystal structure of human Intersectin 2 C2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jzy
タイトルCrystal structure of human Intersectin 2 C2 domain
要素Intersectin 2
キーワードENDOCYTOSIS / C2 domain / Structural Genomics Consortium (SGC)
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of dendrite extension / endosomal transport / intracellular vesicle / RHOU GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of dendrite extension / endosomal transport / intracellular vesicle / RHOU GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / molecular adaptor activity / cell differentiation / calcium ion binding / centrosome / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intersectin-2, first SH3 domain / Intersectin-2, second SH3 domain / Intersectin-2, third SH3 domain / Intersectin-2, fourth SH3 domain / Intersectin-2, fifth SH3 domain / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain ...Intersectin-2, first SH3 domain / Intersectin-2, second SH3 domain / Intersectin-2, third SH3 domain / Intersectin-2, fourth SH3 domain / Intersectin-2, fifth SH3 domain / Pleckstrin homology domain / : / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intersectin 2 / Intersectin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Shen, Y. / Tempel, W. / Tong, Y. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human Intersectin 2 C2 domain
著者: Shen, Y. / Tempel, W. / Tong, Y. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intersectin 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1006
ポリマ－59,1001
非ポリマー05
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.125, 54.125, 196.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

UNX

21A-17-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Intersectin 2


分子量: 59099.762 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1173-1664, C2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN2 / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-V2R pRARE2 / 参照: UniProt: A6H8W8, UniProt: Q9NZM3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS BELIEVE THAT THE PROTEIN UNDERWENT PROTEOLYTIC MODIFICATION PRIOR TO INCORPORATION INTO THE ...AUTHORS BELIEVE THAT THE PROTEIN UNDERWENT PROTEOLYTIC MODIFICATION PRIOR TO INCORPORATION INTO THE CRYSTAL LATTICE, RESULTING IN THE PRESENCE OF A MUCH SHORTER POLYPEPTIDE IN THE CRYSTAL THAN THE ORIGINAL SEQUENCE. THE CRYSTAL USED IN THE DIFFRACTION EXPERIMENT WAS HARVESTED MORE THAN 100 DAYS AFTER CRYSTALLIZATION SETUP.THE PRECISE BOUNDARIES OF THE PROTEOLYZED POLYPEPTIDE CHAIN WERE NOT DETERMINED.UNDER THESE CIRCUMSTANCES, AUTHORS PREFER TO REPORT THE SOLVENT CONTENT AND MATTHEWS COEFFICIENT AS 50.4% AND 2.5 A3/DA, RESPECTIVELY, BASED ON THE ATOMS PRESENT IN THE MODEL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M calcium chloride. calcium chloride was also added to the protein stock solution to a final concentration of 0.002M. Crystals were detected only after more than 100 days of ...詳細: 20% PEG3350, 0.2M calcium chloride. calcium chloride was also added to the protein stock solution to a final concentration of 0.002M. Crystals were detected only after more than 100 days of incubation., vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97711 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97711 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→40 Å / Num. obs: 21447 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.836 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.56-1.5915.50.8910370.99100
1.59-1.6215.90.74710420.953100
1.62-1.6516.40.61110591.004100
1.65-1.6817.10.55810631.05100
1.68-1.7218.20.4410281.072100
1.72-1.7618.70.37310661.142100
1.76-1.818.90.2910531.163100
1.8-1.8518.80.24310491.177100
1.85-1.918.80.18710601.274100
1.9-1.9718.70.15410601.486100
1.97-2.0418.70.11810591.549100
2.04-2.1218.60.10210731.781100
2.12-2.2118.60.09510571.99100
2.21-2.3318.30.0910802.267100
2.33-2.4818.20.08310812.577100
2.48-2.6717.80.07710672.759100
2.67-2.9417.30.06410992.87100
2.94-3.3616.70.0511023.179100
3.36-4.2317.20.04411233.08899.9
4.23-4015.70.04511893.1397.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2EP6

2ep6


解像度: 1.56→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.219 / SU B: 3.673 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1082 5.054 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 21410 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.142 Å20 Å20 Å2
2--0.142 Å20 Å2
3----0.284 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数991 0 5 68 1064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9721529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3065152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68724.28649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2115202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.236157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8481.5680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51221128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4543430
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.854.5389
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.56-1.60.357820.2641468155199.936
1.6-1.6440.281680.25214411509100
1.644-1.6920.257850.25113811466100
1.692-1.7440.286660.2541365143299.93
1.744-1.8010.27830.22212941377100
1.801-1.8640.251870.2181269135799.926
1.864-1.9340.214590.2131233129399.923
1.934-2.0120.213700.20911911261100
2.012-2.1010.261630.21511341197100
2.101-2.2030.261580.2210961154100
2.203-2.3220.212540.2110581112100
2.322-2.4620.223510.22410031054100
2.462-2.630.258490.231932981100
2.63-2.8390.214420.223894936100
2.839-3.1080.2380.236818856100
3.108-3.470.205350.212745780100
3.47-3.9980.237320.198675707100
3.998-4.8740.205230.18358361398.858
4.874-6.8040.192210.23146549099.184
6.804-300.297160.32828331495.223
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5007 Å / Origin y: -25.9082 Å / Origin z: -11.3897 Å
111213212223313233
T0.0221 Å2-0.022 Å2-0.0091 Å2-0.0683 Å20.0051 Å2--0.0206 Å2
L2.0101 °2-0.5933 °20.3999 °2-3.1206 °2-0.3457 °2--2.2884 °2
S-0.029 Å °0.1236 Å °0.1006 Å °-0.0569 Å °-0.1615 Å °-0.1096 Å °-0.0791 Å °-0.0775 Å °0.1905 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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