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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jz2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human thrombin mutant N143P in E* form | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Serine protease / Acute phase / Blood coagulation / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Disulfide bond / Gamma-carboxyglutamic acid / Glycoprotein / Kringle / Protease / Secreted / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin ...cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of proteolysis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / blood coagulation / positive regulation of protein phosphorylation / heparin binding / regulation of cell shape / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of cell growth / : / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Niu, W. / Chen, Z. / Bush-Pelc, L.A. / Bah, A. / Gandhi, P.S. / Di Cera, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mutant N143P reveals how Na+ activates thrombin 著者: Niu, W. / Chen, Z. / Bush-Pelc, L.A. / Bah, A. / Gandhi, P.S. / Di Cera, E. #1: ![]() タイトル: Structural identification of the pathway of long-range communication in an allosteric enzyme 著者: Gandhi, P.S. / Chen, Z. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. #2: ![]() タイトル: Molecular dissection of Na+ binding to thrombin 著者: Pineda, A.O. / Carrell, C.J. / Bush, L.A. / Prasad, S. / Caccia, S. / Chen, Z. / Mathews, F.S. / Di Cera, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 476.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 変異: N143P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00734, thrombin | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 29763.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00734, thrombin | ||||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M imidazole and 7% PEG 8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月16日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 15452 / Num. obs: 14942 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 595 / % possible all: 77.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PEB entry 3BEI 解像度: 2.4→25.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 15.999 / SU ML: 0.171 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.721 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→25.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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