PDB-3jyy: SeMet LinB complexed with PPi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jyy

タイトル

SeMet LinB complexed with PPi

要素

Lincosamide nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / alpha-beta structure

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Morar, M. / Wright, G.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure and mechanism of the lincosamide antibiotic adenylyltransferase LinB.
著者: Morar, M. / Bhullar, K. / Hughes, D.W. / Junop, M. / Wright, G.D.

履歴

登録	2009年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jyy.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jyy.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jyy_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jyy_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	3jyy_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	3jyy_validation.cif.gz	41 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jz0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jz0-d 6m0a-2 6m09-2 1poy-1 1s7j-d 6bku-2 5c1p-2 1d3y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lincosamide nucleotidyltransferase

B: Lincosamide nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.994, 96.343, 103.645
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

#1: タンパク質	Lincosamide nucleotidyltransferase 分子量: 33915.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: linB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9WVY4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 3350, 0.1M Magnesium formate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 67461 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 6749 / R_sym value: 0.297 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 8.671 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22197	1821	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17851	-	-	-
all	0.18076	67461	-	-
obs	0.18076	34133	95.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.206 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4296	0	23	443	4762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.139	1.969	5932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.39	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.695	25.14	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.021	15	806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.916	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.48	1.5	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.021	2	4235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.123	3	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.255	4.5	1697

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2081 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.33	0.5
medium thermal	0.61	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	130	-
R_work	0.206	2153	-
obs	-	-	89.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3129	0.148	0.0825	0.5137	0.1177	0.0378	0.0202	0.0101	0.0189	0.005	-0.0304	0.0337	-0.0003	0.0009	0.0102	0.0162	0.0016	-0.0004	0.0385	-0.0005	0.0027	24.8708	33.6345	22.0455
2	0.3003	-0.0608	-0.2195	0.5962	0.0692	0.1812	0.0637	0.03	0.0253	-0.0757	-0.0447	0.04	-0.0415	-0.0422	-0.019	0.0261	0.0099	-0.0018	0.0396	-0.0015	0.0066	31.8127	52.2007	16.3101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 267
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301 - 738
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	268 - 683
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 267
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	300 - 738
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	268 - 684

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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