PDB-3jyu: Crystal structure of the N-terminal domains of the ubiquitin spec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jyu

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domains of the ubiquitin specific peptidase 4 (USP4)

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Domain in ubiquitin-specific peptidases (DUSP) (ドメイン) /

proto-oncogene (がん遺伝子) / Ubiquitin-fold / Ubl /

protease (プロテアーゼ) /

thioesterase (チオエステル加水分解酵素) /

Thiol protease (システインプロテアーゼ) / Ubl conjugation pathway /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosine receptor binding / TNFR1-induced proapoptotic signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / Ub-specific processing proteases / protein localization to cell surface / protein deubiquitination / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / negative regulation of protein ubiquitination /

regulation of protein stability ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacementSAD / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Bacik, J.P. / Avvakumov, G. / Walker, J.R. / Xue, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domains of the ubiquitin specific peptidase 4 (USP4)
著者: Bacik, J.P. / Avvakumov, G. / Walker, J.R. / Xue, S. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2009年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jyu.cif.gz	194.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jyu.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1w6vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vbo-1 6frf-d 1vbp-1 3e48-d 3pna-3 6hvf-d 5fo0-d 1j4u-d 5bnd-d 3soh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

ヘテロ分子

54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.060, 34.060, 125.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 133.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 分子量: 26955.600 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Usp4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q921M8, UniProt: P35123*PLUS, EC: 3.1.2.15
#2: 化合物	ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS 分子量: 201.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1 volume of 9 mg/ml protein solution was mixed with 1 volume of a solution of 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) isopropanool, 0.1 M sodium HEPES, and 0.001 M dithiothreitol and equilibrated ...詳細: 1 volume of 9 mg/ml protein solution was mixed with 1 volume of a solution of 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) isopropanool, 0.1 M sodium HEPES, and 0.001 M dithiothreitol and equilibrated against 1 M NaCl (well solution). The crystal was cryoprotected in well solution mixed 1:1 with a solution containing 60% (v/v) ethylene glycol and 200 mg/ml 3-(1-pyridino)-propene sulfonate (NDSB-201) and frozen by immersion in liquid nitrogen, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.36 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1 volume of 9 mg/ml protein solution was mixed with 1 volume of a solution of 20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) isopropanool, 0.1 M sodium HEPES, and 0.001 M dithiothreitol and equilibrated ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→45.4 Å / Num. all: 22820 / Num. obs: 22745 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3246 / R_sym value: 0.38 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_138)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: molecular replacementSAD
開始モデル: pdb entry 1W6V

1w6v

解像度: 2.37→41.227 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2334	1110	4.95 %	RANDOM
R_work	0.1819	-	-	-
obs	0.1844	22421	97.39 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.845 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→41.227 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3523	0	13	108	3644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3630
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	4937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.658	1311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	532
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.37-2.4781	0.2681	145	0.2102	2522	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4781-2.6087	0.2695	134	0.2037	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6087-2.7721	0.2808	143	0.1967	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7721-2.9861	0.2631	139	0.2029	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9861-3.2865	0.2676	138	0.1991	2684	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2865-3.7618	0.2193	150	0.1723	2698	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7618-4.7383	0.1929	125	0.1444	2721	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7383-41.2328	0.1975	136	0.1588	2733	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5192	0.2943	0.0995	0.2577	0.2781	0.5593	-0.8288	-0.5228	-0.297	-0.5307	-0.5054	0.0763	0.2417	-0.5865	-0.0141	0.2112	0.0803	0.0586	0.4533	0.0174	0.349	36.0534	11.2559	14.4761
2	0.1796	0.0117	0.2785	0.1022	0.0574	0.2931	-0.1041	0.2361	0.4074	-0.0224	-0.0378	-0.1697	-0.3519	-0.0108	-0.0007	0.1626	0.0329	-0.0856	0.1281	-0.0382	0.3533	50.0829	18.1197	12.3507
3	0.708	0.153	-0.2927	-0.0352	0.0808	0.4544	0.2112	-0.3211	0.1517	0.1843	-0.0868	0.0233	0.5134	-0.0857	0.004	0.1894	0.0402	0.0186	0.1176	-0.0575	0.2479	56.5759	9.0453	19.397
4	1.168	-0.4936	0.4577	1.2225	-0.1461	0.751	-0.2087	-0.7811	0.2567	-0.2272	0.1801	0.3865	0.1256	-0.3925	0.0051	0.2872	-0.0007	0.0144	-0.1033	-0.0048	0.2458	45.4921	10.0856	0.4766
5	0.7571	0.815	0.1035	0.8886	-0.0933	0.0557	0.3516	-0.4816	-0.3811	0.0057	0.0042	0.0395	0.1984	-0.1507	0.0003	0.2896	-0.001	-0.0517	0.1339	0.0388	0.2795	51.264	-3.5	16.5026
6	1.3807	0.7497	1.345	0.8027	0.0172	2.56	0.1614	-0.3328	-0.1249	0.3003	-0.0527	-0.0431	0.1595	-0.1627	0.0001	0.2424	0.0296	-0.0195	0.1032	0.0161	0.2307	52.3049	5.2924	18.4987
7	0.1801	0.0652	0.1313	0.048	0.0458	0.0689	-0.2524	-0.3167	-0.222	-0.5458	0.1398	-0.3751	-0.0238	0.508	0.0005	0.2163	-0.0102	-0.0316	0.3062	-0.0738	0.4501	71.8679	12.1255	23.466
8	0.261	-0.0916	-0.1864	0.0237	0.0535	0.1146	0.2452	-0.3319	-0.0474	-0.1164	-0.7785	-0.0088	0.3009	0.1941	0.0003	0.3652	-0.0065	-0.1146	0.2573	0.0328	0.2832	68.4049	-2.2741	30.4406
9	0.4833	-0.6799	-0.3276	0.875	0.431	0.2076	0.449	-0.1386	-0.4273	-0.0121	-0.0032	0.4604	0.2301	-0.1009	-0.0006	0.4609	-0.1318	-0.1877	0.5519	0.0715	0.3718	71.2846	-2.7474	40.2474
10	0.6542	0.1152	-0.0211	0.7072	-0.6379	0.5398	0.2142	0.1414	0.6534	-0.0235	0.2052	0.0029	0.707	-0.5472	-0.0001	0.4893	-0.0125	-0.0967	0.5463	0.1444	0.3397	74.0391	0.1041	48.4273
11	0.0871	0.1176	0.007	0.1168	0.0105	0.0087	0.8853	1.0481	0.0235	-0.5689	0.4802	-0.3514	-0.463	0.7935	-0.0043	0.9033	0.04	-0.0661	0.643	-0.2799	0.6456	85.1988	-7.6669	35.6603
12	1.3347	-0.4178	0.7665	0.1145	-0.2527	0.376	0.1376	-0.13	-0.1019	-0.2402	-0.1119	0.3103	0.3496	0.407	-0.0001	0.441	-0.0202	-0.0186	0.4275	0.0845	0.2357	79.5674	-0.657	42.1064
13	0.1295	0.1663	-0.1813	0.569	0.0829	0.4793	-0.2124	-0.2392	0.6102	0.1905	-0.0301	0.0947	-0.6688	0.1712	0.0002	0.3033	0.0639	-0.0568	0.3317	-0.1328	0.3429	89.7492	18.7675	22.9419
14	0.4823	0.369	0.3855	0.2585	0.3513	0.4388	-0.0582	-0.193	0.3967	0.2398	-0.0187	-0.0077	0.1064	0.1578	-0	0.1885	-0.0087	0.0678	0.2644	0.0252	0.2413	81.3138	10.9028	12.762
15	0.4735	-0.1293	0.4539	0.4304	-0.3421	0.484	0.3756	-0.1297	0.2082	0.5443	-0.2819	0.0158	0.0611	-0.1481	-0.0001	0.313	0.0125	0.0786	0.3737	-0.0705	0.2131	90.849	12.2135	31.1719
16	0.8252	0.2736	-0.2554	0.2648	0.1212	0.2776	-0.1305	0.6205	-0.2417	0.2273	0.2959	0.0329	0.401	0.7342	0.0003	0.3031	0.0819	-0.0089	0.2282	-0.1219	0.206	89.779	-0.1971	12.8458
17	0.4708	-0.3183	-0.1679	0.4327	-0.2043	0.399	-0.0873	-0.2303	-0.2219	0.2942	0.4017	0.0167	0.1799	-0.3165	-0.0001	0.2856	-0.022	0.0162	0.2911	0.0015	0.2595	77.3876	2.3752	14.8967
18	0.2595	-0.0897	0.3041	0.0121	-0.0666	0.3937	-0.0059	0.5256	0.203	-0.034	-0.1407	0.0646	-0.1416	0.6778	0.0003	0.2023	0.0396	-0.0025	0.3179	-0.0476	0.2214	90.9636	10.6027	11.3895
19	0.0287	-0.0284	-0.0082	0.13	-0.03	-0.0311	0.3043	0.5433	-0.1012	-0.1427	-0.1529	0.2798	0.1202	-0.2625	0.0001	0.2614	-0.0363	-0.0244	0.2186	0.0585	0.3758	68.0334	11.241	7.8378
20	0.7102	0.4092	0.1021	1.0896	-0.5326	0.4089	-0.1779	0.2357	-0.215	-0.1828	0.0523	-0.2428	0.005	-0.4142	0.0001	0.2733	-0.12	0.0566	0.5132	0.0317	0.2497	73.0086	0.206	-11.5765
21	0.0894	0.0148	0.0186	0.103	-0.1646	0.2685	-0.3289	0.0481	-0.2526	-0.3441	0.6571	0.4528	-0.0923	0.4839	0.0004	0.1914	-0.0231	-0.0114	0.5277	0.1081	0.2783	69.2912	9.3482	-11.0127
22	1.0383	-0.2983	-0.0339	0.0613	-0.0619	0.2263	0.0603	0.3176	0.4757	-0.3405	0.1851	0.5342	0.1034	-0.3514	0.0007	0.2357	-0.1365	-0.0218	0.6821	0.1032	0.2293	66.3625	2.4273	-18.0786
23	0.4757	0.3857	-0.0696	0.7889	0.042	0.1169	-0.2131	-0.3876	-0.526	-0.6019	-0.0118	0.5816	0.1176	-0.7716	-0.0008	0.13	-0.0689	0.127	0.7232	0.0744	0.3476	60.3438	4.9451	-8.1613
24	0.7199	-0.5746	-0.2336	1.9347	0.893	0.4308	-0.1081	0.6002	-0.3571	-0.1876	0.2192	0.0003	-0.2149	-0.971	0.0016	0.3383	-0.316	-0.0643	1.0167	0.1628	0.2303	64.946	1.1555	-19.7898

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 9:14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 15:30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 31:44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 45:64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 65:87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 88:122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 123:136
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 137:144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 145:168
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resid 169:187
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain A and resid 188:196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain A and resid 197:228
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resid 12:29
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and resid 30:44
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resid 45:64
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resid 65:85
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain B and resid 86:98
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain B and resid 99:121
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain B and resid 122:139
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain B and resid 140:161
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain B and resid 162:171
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain B and resid 172:193
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain B and resid 194:209
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain B and resid 210:228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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