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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jyg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein WS1659 from Wolinella succinogenes | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-carboxytetrahydropterin synthase / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Wolinella succinogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein WS1659 from Wolinella succinogenes 著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jyg.cif.gz | 241.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jyg.ent.gz | 202.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jyg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jyg_validation.pdf.gz | 465.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jyg_full_validation.pdf.gz | 475.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3jyg_validation.xml.gz | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jyg_validation.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/3jyg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22265.943 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア) 遺伝子: WS1659 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MR56 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% Jeffamine ED-2001 pH 7.0, 1.1M Sodium Malonate pH 7.0, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 106182 / Num. obs: 106182 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.088 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 19589 / Rsym value: 0.399 / Χ2: 0.816 / % possible all: 93.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.852 / SU B: 3.494 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / SU Rfree: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.4 Å2 / Biso mean: 21.685 Å2 / Biso min: 3.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.948→1.998 Å / Total num. of bins used: 20
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