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万見
- PDB-3jy6: Crystal structure of LacI Transcriptional regulator from Lactobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jy6
タイトルCrystal structure of LacI Transcriptional regulator from Lactobacillus brevis
要素Transcriptional regulator, LacI family
キーワードTranscription regulator / NYSGXRC / PSI-II / transcriptional regulator / Lac I / Protein structure Initiative / 11238g / structural genomics / New York SGX Research Center for Structural Genomics / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold ...LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, LacI family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Syed Ibrahim, B. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of LacI Transcriptional regulator from Lactobacillus brevis
著者: Syed Ibrahim, B. / Kumaran, D. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LacI family
B: Transcriptional regulator, LacI family
C: Transcriptional regulator, LacI family
D: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4337
ポリマ－124,2734
非ポリマー1603
水3,171176
1
A: Transcriptional regulator, LacI family
B: Transcriptional regulator, LacI family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1362
ポリマ－62,1362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator, LacI family
D: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2965
ポリマ－62,1362
非ポリマー1603
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.570, 109.328, 113.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, LacI family


分子量: 31068.234 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 64-328 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
株: ATCC 367 / 遺伝子: LVIS_0444 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q03T70
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 0.2M Mg Cl2, 0.1M Bis Tris, 25% Peg 3350, 2M NaCl, Ethylene Glycol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9789
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 65400 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 80.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXモデル構築
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→40.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 81982.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 3111 5 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 61427 88.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.81 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.183 Å20 Å2-0.914 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3---1.612 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→40.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8106 0 9 176 8291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 271 5.2 %
Rwork0.301 4898 -
obs--44.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2EDO.PAREDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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