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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jxq | ||||||
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タイトル | X-Ray structure of r[CGCG(5-fluoro)CG]2 | ||||||
![]() | r[CGCG(5-fluoro)CG]2 | ||||||
![]() | RNA / double helix | ||||||
機能・相同性 | RNA![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adamiak, D.A. / Milecki, J. / Adamiak, R.W. / Rypniewski, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The hydration and unusual hydrogen bonding in the crystal structure of an RNA duplex containing alternating CG base pairs 著者: Adamiak, D.A. / Milecki, J. / Adamiak, R.W. / Rypniewski, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 402.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 1924.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: This is a modification of a naturally occuring sequence #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0M lithium sulfate, 10mM magnesium chloride and 50mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月17日 / 詳細: Si(111) |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→20 Å / Num. all: 9439 / Num. obs: 9439 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 30 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 409 / Rsym value: 0.296 / % possible all: 80 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.307 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
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