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- PDB-3jwo: Structure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jwo
タイトルStructure of HIV-1 gp120 with gp41-Interactive Region: Layered Architecture and Basis of Conformational Mobility
要素
  • FAB 48D Heavy CHAIN
  • FAB 48D LIGHT CHAIN
  • HIV-1 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
  • T-cell surface glycoprotein CD4
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 VIRAL SPIKE / MOLECULAR MOTION / PROTEIN ARCHITECTURE / RECEPTOR-TRIGGERED ENTRY / TYPE 1 FUSION PROTEIN / CELL MEMBRANE / DISULFIDE BOND / GLYCOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / IMMUNE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / maintenance of protein location in cell / T cell selection / MHC class II protein binding / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / positive regulation of kinase activity / regulation of T cell activation / T cell receptor complex / extracellular matrix structural constituent / Other interleukin signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / regulation of calcium ion transport / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / T cell differentiation / PD-1 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / protein tyrosine kinase binding / Vpu mediated degradation of CD4 / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / cell adhesion / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / signal transduction / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Beta Complex / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Pancera, M. / Majeed, S. / Huang, C.C. / Kwon, Y.D. / Zhou, T. / Robinson, J.E. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of HIV-1 gp120 with gp41-interactive region reveals layered envelope architecture and basis of conformational mobility.
著者: Pancera, M. / Majeed, S. / Ban, Y.E. / Chen, L. / Huang, C.C. / Kong, L. / Kwon, Y.D. / Stuckey, J. / Zhou, T. / Robinson, J.E. / Schief, W.R. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
C: T-cell surface glycoprotein CD4
L: FAB 48D LIGHT CHAIN
H: FAB 48D Heavy CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,91915
ポリマ－106,3404
非ポリマー2,57911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area45770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.000, 190.000, 103.302
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 HIV-1 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN


分子量: 39655.910 Da / 分子数: 1 / 変異: T257S, S375W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: HXBC2 / プラスミド: pMT
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): FRUIT FLY
#2: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD4 / T-cell surface antigen T4/Leu-3


分子量: 20419.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD4
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01730

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 FAB 48D LIGHT CHAIN


分子量: 22749.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified herpesvirus (ウイルス)
#4: 抗体 FAB 48D Heavy CHAIN


分子量: 23515.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified herpesvirus (ウイルス)

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糖 , 2種, 11分子

#5: 多糖 beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 5.3% PEG8000, 0.2M Calcium acetate, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 20271 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Net I/σ(I): 8.06
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 41.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3JWD

3jwd


解像度: 3.51→41.09 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 3.51 / σ(F): 0.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 1842 9.09 %
Rwork0.257 --
obs0.258 20271 83.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.1 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 141.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.939 Å2-0 Å20 Å2
2---21.939 Å20 Å2
3---43.878 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→41.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7433 0 164 0 7597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86110566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4252815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.51-3.6040.4750.354714X-RAY DIFFRACTION43
3.604-3.710.391800.333876X-RAY DIFFRACTION53
3.71-3.8290.3241100.3191087X-RAY DIFFRACTION65
3.829-3.9660.3291240.3011245X-RAY DIFFRACTION75
3.966-4.1250.2751460.2751403X-RAY DIFFRACTION84
4.125-4.3120.2421430.2621499X-RAY DIFFRACTION90
4.312-4.5390.2591590.2351575X-RAY DIFFRACTION94
4.539-4.8230.2271610.221607X-RAY DIFFRACTION96
4.823-5.1950.2281610.2231615X-RAY DIFFRACTION95
5.195-5.7170.2521660.2321649X-RAY DIFFRACTION97
5.717-6.5410.291640.2471645X-RAY DIFFRACTION96
6.541-8.230.2681690.251700X-RAY DIFFRACTION98
8.23-41.0910.2631840.241814X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.53050.04810.28111.7208-0.18190.8536-0.06350.1448-0.01990.14690.1309-0.0956-0.004-0.039-0.04830.65340.06110.02320.8558-0.04950.973631.239299.98482.7753
21.6436-0.38390.6786-1.575-0.52241.0459-0.15870.0532-0.29570.18450.3829-0.2279-0.223-0.0197-0.16541.06630.0942-0.19140.8844-0.04681.390147.411881.361217.3561
30.2744-0.2597-0.08443.4358-0.44410.5061-0.2251-0.01720.16450.5407-0.5261-1.088-0.19180.08850.62691.53710.1863-0.16421.24320.03851.613462.74551.85624.8424
4-0.08071.3961-0.66712.2089-0.74862.1682-0.01380.11550.2810.17690.28690.37330.1322-0.6799-0.26861.2692-0.25170.13791.32260.17831.5627-2.327767.248517.7981
53.43751.8066-0.63192.6499-2.17321.350.21170.14620.17340.77990.19440.2164-0.5895-0.0032-0.35881.5427-0.12380.34861.46950.35421.8585-3.294541.453842.3159
60.5317-1.3075-0.32851.9418-1.88242.06970.1279-0.1244-0.2702-0.6655-0.05080.17340.63970.3741-0.05551.3401-0.00910.12921.14210.22731.283719.072460.3317.084
73.44122.0105-0.33854.1126-1.22030.2628-1.095-0.3626-2.1145-1.98370.5138-0.08620.2320.10910.52872.129-0.03610.50871.53110.69852.81193.280532.16330.3703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA34 - 948
2X-RAY DIFFRACTION2chain C and resid 1000:1097C1000 - 1097
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 1098:1183C1098 - 1183
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 1:106L1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 107:211L107 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6chain H and resid 1:119H1 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain H and resid 120:221H120 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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