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万見
- PDB-3jwi: Crystal structure analysis of the methyltransferase domain of bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jwi
タイトルCrystal structure analysis of the methyltransferase domain of bacterial-CtHen1-CN
要素Methyltransferase type 12
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


small RNA 2'-O-methyltransferase / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / O-methyltransferase activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1, bacterial / Hen1, N-terminal / Hen1, N-terminal domain superfamily / RNA repair, ligase-Pnkp-associating, region of Hen1 / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1, bacterial / Hen1, N-terminal / Hen1, N-terminal domain superfamily / RNA repair, ligase-Pnkp-associating, region of Hen1 / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small RNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Huang, R.H. / Chan, C.M. / Zhou, C. / Brunzelle, J.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical insights into 2'-O-methylation at the 3'-terminal nucleotide of RNA by Hen1.
著者: Mui Chan, C. / Zhou, C. / Brunzelle, J.S. / Huang, R.H.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase type 12
B: Methyltransferase type 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4452
ポリマ－48,4452
非ポリマー00
水2,576143
1
A: Methyltransferase type 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2231
ポリマ－24,2231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methyltransferase type 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2231
ポリマ－24,2231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.456, 82.228, 88.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A,B, using restrain
22chain A,B, using restrain

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Methyltransferase type 12 / Hen1


分子量: 24222.543 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 259-465 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_2767 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3DJ37
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 6000, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2009年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 25408

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.847 / σ(F): 1397
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1800 7.1 %
Rwork0.204 --
obs-22933 89.9 %
溶媒の処理Bsol: 46.21 Å2
原子変位パラメータBiso max: 76.77 Å2 / Biso mean: 31.133 Å2 / Biso min: 9.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.486 Å20 Å20 Å2
2---9.223 Å20 Å2
3---21.709 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 0 143 3310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.118
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2862
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3982.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプWeight
11BX-RAY DIFFRACTION0restrain200
22BX-RAY DIFFRACTION0restrain200
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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