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万見
- PDB-3jwh: Crystal structure analysis of the methyltransferase domain of bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jwh
タイトルCrystal structure analysis of the methyltransferase domain of bacterial-AvHen1-C
要素Hen1
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


small RNA 2'-O-methyltransferase / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / O-methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1, bacterial / Hen1, N-terminal / Hen1, N-terminal domain superfamily / RNA repair, ligase-Pnkp-associating, region of Hen1 / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1, bacterial / Hen1, N-terminal / Hen1, N-terminal domain superfamily / RNA repair, ligase-Pnkp-associating, region of Hen1 / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Small RNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena variabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Huang, R.H. / Chan, C.M. / Zhou, C. / Brunzelle, J.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical insights into 2'-O-methylation at the 3'-terminal nucleotide of RNA by Hen1.
著者: Mui Chan, C. / Zhou, C. / Brunzelle, J.S. / Huang, R.H.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hen1
B: Hen1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1384
ポリマ－50,3692
非ポリマー7692
水1,35175
1
A: Hen1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5692
ポリマ－25,1851
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hen1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5692
ポリマ－25,1851
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.519, 49.772, 90.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hen1


分子量: 25184.617 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 253-461 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anabaena variabilis (バクテリア)
株: ATCC 29413 / PCC 7937 / 遺伝子: Ava_1594 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3MCR9
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 6000, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 24150

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
RESOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.772 / σ(F): 1034
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1769 7 %
Rwork0.236 --
obs-22455 88.6 %
溶媒の処理Bsol: 34.911 Å2
原子変位パラメータBiso max: 92.16 Å2 / Biso mean: 39.805 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.402 Å20 Å25.038 Å2
2---9.263 Å20 Å2
3----13.139 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 52 75 3188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.184
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0742
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1712.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5SAH1.parSAH1.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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