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- PDB-3jvb: Crystal structure of infectious baculovirus polyhedra -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jvb
タイトルCrystal structure of infectious baculovirus polyhedra
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / Jelly-roll / disulfide bond / domain swapping
機能・相同性Polyhedrin / Polyhedrin / viral occlusion body / structural molecule activity / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Wiseana signata NPV (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Coulibaly, F. / Chiu, E. / Metcalf, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The atomic structure of baculovirus polyhedra reveals the independent emergence of infectious crystals in DNA and RNA viruses
著者: Coulibaly, F. / Chiu, E. / Gutmann, S. / Rajendran, C. / Haebel, P.W. / Ikeda, K. / Mori, H. / Ward, V.K. / Schulze-Briese, C. / Metcalf, P.
履歴
登録2009年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8022
ポリマ－28,7061
非ポリマー961
水1,54986
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,62324
ポリマ－344,47012
非ポリマー1,15312
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area62440 Å2
ΔGint-443 kcal/mol
Surface area109170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.437, 102.437, 102.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-244-

SO4

21A-244-

SO4

詳細POLYHEDRA ARE VIRUS-CONTAINING CRYSTALS, WHICH REPRESENT THE MAIN INFECTIOUS FORM OF BACULOVIRUS. THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS THE WHOLE CRYSTAL. DODECAMERS OF THE POLYHEDRIN PROTEIN ARE PUTATIVE BUILDING BLOCKS OF THE CRYSTAL. INTERFACES INVOLVED IN GENERATING BIOMOLECULES 2-7 EXIST IN THE CRYSTAL BUT MAY NOT BE RELEVANT IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Polyhedrin


分子量: 28705.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystals were directly purified from insects (larvae of porina moths) naturally infected by a baculovirus (Wiseana spp. nucleopolyhedrosis virus)
由来: (天然) Wiseana signata NPV (ウイルス) / 参照: UniProt: O37157
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 19

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.560221 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.164995 %
結晶化温度: 300 K / pH: 7
詳細: Natural intracellular Crystals were directly purified from larvae of porina moths infected by a baculovirus (WNPV), pH 7, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月5日 / 詳細: MD2 DIFFRACTOMETER
放射モノクロメーター: SAGITALLY HORIZONTAL FOCUSSING SI(111) MERIDIONALLY VERTICAL FOCUSSING RH-COATED MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→30 Å / Num. obs: 9646 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 21.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.349 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.17→2.29 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JW6

3jw6


解像度: 2.17→20.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residue ACys131 forms a disulfide bond with residue BCys131 of symmetry molecule 4566. By symmetry, this also implies that residue BCys131 forms a disulfide bond with residue ACys131 of symmetry molecule 4566.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1899 947 9.84 %RANDOM
Rwork0.1612 ---
obs0.164 9620 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 114 Å2 / Biso mean: 21.582 Å2 / Biso min: 5.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.198 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→20.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1619 0 5 86 1710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d18.26
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.04
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.43 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 274 10.14 %
Rwork0.1905 2428 -
all0.194 2702 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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