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- PDB-3jv9: The structure of a reduced form of OxyR from N. meningitidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jv9
タイトルThe structure of a reduced form of OxyR from N. meningitidis
要素Transcriptional regulator, LysR family
キーワードTRANSCRIPTION / LysR-type transcriptional regulator / LTTR / redox / Structural Genomics / OPPF / Oxford Protein Production Facility / DNA-binding / Transcription regulation / OPPF3291
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-regulatory region sequence-specific DNA binding => GO:0000987 / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, LysR family
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Sainsbury, S. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: The structure of a reduced form of OxyR from Neisseria meningitidis
著者: Sainsbury, S. / Ren, J. / Nettleship, J.E. / Saunders, N.J. / Stuart, D.I. / Owens, R.J.
履歴
登録2009年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LysR family
B: Transcriptional regulator, LysR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2584
ポリマ－49,1872
非ポリマー712
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.813, 56.075, 81.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 95:182 or resseq 185:212 or resseq...A0
211chain 'B' and (resseq 95:182 or resseq 185:212 or resseq...B0

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, LysR family / OxyR


分子量: 24593.312 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 88-306 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: NMB0173 / プラスミド: OPPF3291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9K1H8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M calcium acetate, 0.2mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785, 0.9070
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.9071
反射解像度: 2.39→30 Å / Num. obs: 16661 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1280 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_129)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.39→29.798 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.671 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 36.06 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ANOMALOUS SCATTERER GROUPS DETAILS. NUMBER OF ANOMALOUS SCATTERER GROUPS : 1 ANOMALOUS SCATTERER GROUP : 1 SELECTION: name SE FP : -3.9200 FDP : 5.8667
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2857 1617 5.04 %RANDOM
Rwork0.2241 30460 --
obs0.2274 32077 95.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.489 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 276.97 Å2 / Biso mean: 53.436 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-36.179 Å20 Å210.305 Å2
2---19.402 Å2-0 Å2
3----16.777 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→29.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3251 0 2 95 3348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3314500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9831242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006577
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A756X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.285
12B756X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.285
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3903-2.47570.49421150.3763211867
2.4757-2.57470.44911280.3558288990
2.5747-2.69190.43341750.3211313299
2.6919-2.83370.32681670.26873195100
2.8337-3.01110.29311730.2423188100
3.0111-3.24330.28441590.2123193100
3.2433-3.56920.23361660.20293220100
3.5692-4.08450.23882090.18323136100
4.0845-5.14180.22731520.16873201100
5.1418-29.80010.27471730.21243188100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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