PDB-3jup: Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jup

タイトル

Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (S)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid

要素

Phenazine biosynthesis protein A/B

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / chirality / drug design / phenazine biosynthesis / medicinal chemistry / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Mentel, M. / Jain, I.H. / Breinbauer, R. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: The Active Site of an Enzyme Can Host Both Enantiomers of a Racemic Ligand Simultaneously
著者: Mentel, M. / Blankenfeldt, W. / Breinbauer, R.

履歴

登録	2009年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jup.cif.gz	85 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jup.ent.gz	64.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3jup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3jup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jumC 3junC 3juoC 3juqC 3b4p 3bo4 3cnm 3dzl 3ex9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b4p-d 3juo-d 3jum-d 3juq-d 3b4o-d 3jun-d 3dzl-d 2bbd-4 3ex9-1 3cnm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phenazine biosynthesis protein A/B

B: Phenazine biosynthesis protein A/B

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.720, 64.720, 160.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Phenazine biosynthesis protein A/B 分子量: 21531.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia sp. (バクテリア) / 株: 383 / 遺伝子: Bcep18194_B1568 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q396C9
#2: 化合物	ChemComp-AKD / 5-bromo-2-[(3S)-piperidin-3-ylamino]benzoate 分子量: 298.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄BrN₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 5 mM (S)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, vapor ...詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 5 mM (S)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, vapor diffusion, hanging drop, temperature 284K PH範囲: 6.1 - 6.7

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %

結晶化

温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 5 mM (S)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, vapor ...
PH範囲: 6.1 - 6.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.97886 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月5日 / 詳細: SI(111)

放射

モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97886 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→19.7 Å / Num. obs: 31529 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 40.736 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 27.14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.9-2		0.57	4.6	44037	4395	100
2-2.1		0.339	8	40046	3632	100
2.1-2.2		0.238	10.9	33099	2994	100
2.2-3		0.079	25.8	134769	12248	100
3-4		0.036	52	50904	4720	100
4-5		0.032	60.6	17865	1697	99.9
5-6		0.032	60	7859	767	99.9
6-7		0.03	59.5	4014	403	100
7-8		0.03	61	2269	231	100
8-9		0.029	60.6	1325	141	100
9-10		0.028	58.8	726	82	98.8
10-11		0.031	59.4	619	68	97.1
11-12		0.031	56.6	321	39	97.5
12-14		0.028	54.5	449	56	90.3
14-16		0.035	58.6	236	27	90
16-18		0.037	49.3	107	16	80
18-20		0.035	48.8	84	13	92.9
	20

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0070	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

解像度: 1.9→19.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 7.388 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	1592	5 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.175	31529	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.845 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0.36 Å²	0 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2605	0	34	206	2845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.923	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3.003	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.701	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.064	22.866	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.33	15	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.57	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	648
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.122	1.5	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.403	1.5	646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.919	2	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.233	3	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.956	4.5	1198

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	131	-
R_work	0.222	2114	-
all	-	2245	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2322	0.1802	0.1422	2.9827	-0.9037	2.853	0.0708	0.0295	-0.0794	0.275	-0.0189	-0.5732	0.1692	0.0957	-0.0519	0.0716	0.0405	-0.078	0.0594	-0.0184	0.1578	42.9983	0.9843	85.882
2	1.5448	0.1919	0.5977	2.9963	-1.0107	1.9369	-0.1206	0.1395	0.093	-0.1722	0.2956	0.0813	0.0004	-0.3497	-0.175	0.045	0.015	-0.0091	0.164	0.0498	0.0567	30.4517	11.4785	72.9455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	166 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	9 - 165
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	500
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	166 - 273

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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