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- PDB-3ju8: Crystal Structure of Succinylglutamic Semialdehyde Dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ju8
タイトルCrystal Structure of Succinylglutamic Semialdehyde Dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa.
要素Succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Arginine metabolism / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase / succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase activity / arginine catabolic process to succinate / arginine catabolic process to glutamate / arginine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SUCCINIC ACID / N-succinylglutamate 5-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Kim, Y. / Li, H. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Succinylglutamic Semialdehyde Dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Kim, Y. / Li, H. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase
B: Succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,04524
ポリマ－104,0002
非ポリマー3,04522
水16,736929
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13650 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area32940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.117, 48.033, 187.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-773-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase / N-succinylglutamate 5-semialdehyde dehydrogenase / SGSD


分子量: 51999.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: aruD, astD, PA0898 / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: O50174, succinylglutamate-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 951分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M Magnesium sulfate 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→32.78 Å / Num. all: 104456 / Num. obs: 104456 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 24.03 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4769 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.4_138)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→32.775 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.38 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 5214 5 %random
Rwork0.158 ---
all0.16 104285 --
obs0.16 104285 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.845 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2147 Å20 Å20.5274 Å2
2--13.0734 Å20 Å2
3----8.8587 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→32.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7228 0 187 929 8344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0138121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.46411141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8163039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1021233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.82-1.88510.26485200.229695511007198
1.8851-1.96050.24095390.1923990810447100
1.9605-2.04970.21625320.1752983910372100
2.0497-2.15780.21834970.1582997610473100
2.1578-2.2930.19745340.1511991010444100
2.293-2.46990.18794880.1484988710375100
2.4699-2.71840.22175110.1632995210463100
2.7184-3.11150.21415550.1663997710532100
3.1115-3.91910.16945220.144199811050399
3.9191-32.78070.1655160.1414100901060698
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.5350.0313-0.20720.162-0.05640.6065-0.0130.0264-0.06050.01420.0136-0.02020.04170.06960.00060.112-0.01940.00940.0877-0.02670.127-8.716419.941433.2851
20.8764-0.02040.00140.20790.12290.5454-0.03390.3993-0.0458-0.04060.03670.0305-0.0285-0.0410.00550.1642-0.05580.00540.3165-0.03480.1445
精密化 TLSグループSelection details: chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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