[日本語] English
万見
- PDB-3jsj: Crystal structure of a putative tetr-transcriptional regulator (s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jsj
タイトルCrystal structure of a putative tetr-transcriptional regulator (sav143) from streptomyces avermitilis ma-4680 at 2.10 A resolution
要素Putative TetR-family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Dna-binding / transcription regulation / bacterial regulatory proteins / dna/rna-binding 3-helical bundle fold / helix turn helix motif / hth motif / transcription regulator / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TetR-family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis MA-4680 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative transcriptional regulator (NP_821317.1) from Streptomyces avermitilis MA-4680 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative TetR-family transcriptional regulator
B: Putative TetR-family transcriptional regulator
C: Putative TetR-family transcriptional regulator
D: Putative TetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9449
ポリマ－82,6724
非ポリマー2735
水8,143452
1
A: Putative TetR-family transcriptional regulator
B: Putative TetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5846
ポリマ－41,3362
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
2
C: Putative TetR-family transcriptional regulator
D: Putative TetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3603
ポリマ－41,3362
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.401, 84.351, 103.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A6 - 189
2114B6 - 189
3114C6 - 189
4114D6 - 189
詳細REMARK 300 REMARK 300 REMARK: ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH REMARK 300 STATIC LIGHT SCATTERING SUGGESTS THAT A TETRAMER IS A REMARK 300 SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. HOWEVER, R REMARK 300 ANALYSIS OF THE CRYSTAL PACKING SUGGESTS THAT A DIMER REMARK 300 IS OLIGOMERIZATION STATE IN THE CRYSTAL. REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1,2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE 1 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA 1.18 REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 3280 A**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 16490 A**2 REMARK 350 GAIN IN SOLVENT FREE ENERGY: -20 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: C, D REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE 2 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA 1.18 REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 3300 A**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 16620 A**2 REMARK 350 GAIN IN SOLVENT FREE ENERGY: -20 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

-
要素

#1: タンパク質
Putative TetR-family transcriptional regulator


分子量: 20667.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis MA-4680 (バクテリア)
遺伝子: NP_821317.1, SAV143, SAV_143 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q82RK0
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE THIE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THIE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.3000M magnesium chloride, 16.0000% polyethylene glycol 8000, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97809
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月17日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.748 Å / Num. obs: 55159 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.74
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.170.5851.41916910025198.1
2.17-2.260.4531.92140211144198.7
2.26-2.360.3322.52022410513199
2.36-2.490.2653.12165111224199
2.49-2.640.1924.22005210371199
2.64-2.850.1395.72153311118198.9
2.85-3.130.0928.32056610595198.7
3.13-3.590.05114.12115110871198.7
3.59-4.510.03221.12071410618198.4
4.51-29.7480.02625.12103710751197.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.748 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.532 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.168
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. MAGNESIUM FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) USED AS A CRYOPROTECTANT HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2802 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 55139 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.07 Å2 / Biso mean: 21.447 Å2 / Biso min: 4.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5526 0 17 452 5995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3271.9897705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98839610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7245756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.08322.96250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.31215957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8871561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.30333694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.51631499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.27355850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.27781999
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.68111842
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2267 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.250.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.290.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.320.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.30.5
1AMEDIUM THERMAL0.92
2BMEDIUM THERMAL0.782
3CMEDIUM THERMAL0.962
4DMEDIUM THERMAL0.792
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 193 -
Rwork0.24 3845 -
all-4038 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3820.1839-0.20391.1681-0.78761.81170.0066-0.00570.1025-0.0350.00020.0842-0.0258-0.125-0.00680.12830.0087-0.03960.0163-0.00520.0368.72573.5152.102
20.65510.01120.40161.6858-1.57742.9680.05470.08820.0211-0.1236-0.2537-0.20650.15690.40490.19910.11520.0439-0.00060.0790.02750.066387.80160.81358.936
31.16190.711-1.6981.1567-0.63722.8360.1412-0.29550.02350.0525-0.0441-0.0944-0.33960.3583-0.09710.19380.0206-0.05270.34980.0570.106761.68451.124108.339
41.0011-0.46161.06930.8332-1.44235.3963-0.0123-0.2391-0.1468-0.04410.1860.08730.1615-0.5142-0.17370.1212-0.0174-0.03810.19340.10080.12342.57547.0794.916
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 189

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る