+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jsj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a putative tetr-transcriptional regulator (sav143) from streptomyces avermitilis ma-4680 at 2.10 A resolution | ||||||
要素 | Putative TetR-family transcriptional regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / Dna-binding / transcription regulation / bacterial regulatory proteins / dna/rna-binding 3-helical bundle fold / helix turn helix motif / hth motif / transcription regulator / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avermitilis MA-4680 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Putative transcriptional regulator (NP_821317.1) from Streptomyces avermitilis MA-4680 at 2.10 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jsj.cif.gz | 156 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3jsj.ent.gz | 126.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jsj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jsj_validation.pdf.gz | 460.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3jsj_full_validation.pdf.gz | 466.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3jsj_validation.xml.gz | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jsj_validation.cif.gz | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3jsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3jsj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | REMARK 300 REMARK 300 REMARK: ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH REMARK 300 STATIC LIGHT SCATTERING SUGGESTS THAT A TETRAMER IS A REMARK 300 SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. HOWEVER, R REMARK 300 ANALYSIS OF THE CRYSTAL PACKING SUGGESTS THAT A DIMER REMARK 300 IS OLIGOMERIZATION STATE IN THE CRYSTAL. REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1,2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE 1 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA 1.18 REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 3280 A**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 16490 A**2 REMARK 350 GAIN IN SOLVENT FREE ENERGY: -20 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: C, D REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE 2 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA 1.18 REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 3300 A**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 16620 A**2 REMARK 350 GAIN IN SOLVENT FREE ENERGY: -20 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20667.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis MA-4680 (バクテリア) 遺伝子: NP_821317.1, SAV143, SAV_143 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q82RK0 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE THIE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THIE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3000M magnesium chloride, 16.0000% polyethylene glycol 8000, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97809 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月17日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97809 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→29.748 Å / Num. obs: 55159 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.74 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.748 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.532 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.168 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. MAGNESIUM FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) USED AS A CRYOPROTECTANT HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.07 Å2 / Biso mean: 21.447 Å2 / Biso min: 4.5 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.748 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2267 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|