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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jrz | ||||||
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タイトル | CcdBVfi-FormII-pH5.6 | ||||||
![]() | CcdB | ||||||
![]() | TOXIN / ALPHA+BETA / SH3 domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / plasmid maintenance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | De Jonge, N. / Buts, L. / Loris, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and thermodynamic characterization of vibrio fischeri CCDB 著者: De Jonge, N. / Hohlweg, W. / Garcia-Pino, A. / Respondek, M. / Buts, L. / Haesaerts, S. / Lah, J. / Zangger, K. / Loris, R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Purification and crystallization of Vibrio fischeri CcdB and its complexes with fragments of gyrase and CcdA 著者: De Jonge, N. / Buts, L. / Vangelooven, J. / Mine, N. / Van Melderen, L. / Wyns, L. / Loris, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 33.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11879.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tac promotor / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100mM sodium citrate pH5.6, 2% polyethyleneimine, 500mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8162 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→19.9 Å / Num. all: 9956 / Num. obs: 9956 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.31 % / Biso Wilson estimate: 17.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 22.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 986 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3JSC 解像度: 1.7→18.776 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / FOM work R set: 0.879 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: individual atomic B factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.977 Å2 / ksol: 0.414 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 45.63 Å2 / Biso mean: 18.774 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.776 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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