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- PDB-3jrz: CcdBVfi-FormII-pH5.6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jrz
タイトルCcdBVfi-FormII-pH5.6
要素CcdB
キーワードTOXIN / ALPHA+BETA / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / plasmid maintenance
類似検索 - 分子機能
Toxin CcdB / CcdB protein / SH3 type barrels. - #110 / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者De Jonge, N. / Buts, L. / Loris, R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and thermodynamic characterization of vibrio fischeri CCDB
著者: De Jonge, N. / Hohlweg, W. / Garcia-Pino, A. / Respondek, M. / Buts, L. / Haesaerts, S. / Lah, J. / Zangger, K. / Loris, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Purification and crystallization of Vibrio fischeri CcdB and its complexes with fragments of gyrase and CcdA
著者: De Jonge, N. / Buts, L. / Vangelooven, J. / Mine, N. / Van Melderen, L. / Wyns, L. / Loris, R.
履歴
登録2009年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CcdB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8801
ポリマ－11,8801
非ポリマー00
水1,31573
1
A: CcdB

A: CcdB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7592
ポリマ－23,7592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area9800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.506, 43.624, 37.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CcdB


分子量: 11879.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: tac promotor / 由来: (組換発現) Vibrio fischeri (バクテリア) / 遺伝子: ccdB / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B462 / 参照: UniProt: Q84B82
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM sodium citrate pH5.6, 2% polyethyleneimine, 500mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8162 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8162 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.9 Å / Num. all: 9956 / Num. obs: 9956 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.31 % / Biso Wilson estimate: 17.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 22.98
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 986 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JSC

3jsc


解像度: 1.7→18.776 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / FOM work R set: 0.879 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: individual atomic B factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1989 475 4.82 %random
Rwork0.1676 9387 --
obs0.1692 9862 99.92 %-
all-9862 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.977 Å2 / ksol: 0.414 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 45.63 Å2 / Biso mean: 18.774 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.044 Å20 Å20.188 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.114 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数775 0 0 73 848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3951074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.952283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.94590.2031610.16553108X-RAY DIFFRACTION100
1.9459-2.45070.19641590.14293121X-RAY DIFFRACTION100
2.4507-18.77750.19731550.17833158X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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