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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jri | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Fis bound to 27 bp non consensus sequence DNA F23 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / HTH domain / minor groove compression / DNA bending / indirect recognition / activator / DNA-binding / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / 核様体 / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 ...invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / 核様体 / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 / response to radiation / ヌクレオソーム / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
データ登録者 | Stella, S. / Cascio, D. / Johnson, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010 タイトル: The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis. 著者: Stella, S. / Cascio, D. / Johnson, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jri.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jri.ent.gz | 56.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jri.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/3jri | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11252.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: fis, b3261, JW3229 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6R3 #2: DNA鎖 | | 分子量: 8334.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | | 分子量: 8250.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.3 M Sodium citrate, 0.1 M TRIS-HCl pH 8.5, 36% PEG 400, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→90 Å / Num. obs: 11811 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.812 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3IV5 解像度: 3.11→79.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.334 / ESU R Free: 0.414 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.14 Å2 / Biso mean: 85.056 Å2 / Biso min: 72.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.11→79.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.107→3.188 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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