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- PDB-3jr1: Crystal structure of Putative fructosamine-3-kinase (YP_719053.1)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jr1
タイトルCrystal structure of Putative fructosamine-3-kinase (YP_719053.1) from HAEMOPHILUS SOMNUS 129PT at 2.32 A resolution
要素Putative fructosamine-3-kinase
キーワードTRANSFERASE / YP_719053.1 / Putative fructosamine-3-kinase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Fructosamine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Fructosamine/Ketosamine-3-kinase / Fructosamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Fructosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus somnus 129PT (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative fructosamine-3-kinase (YP_719053.1) from HAEMOPHILUS SOMNUS 129PT at 2.32 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fructosamine-3-kinase
B: Putative fructosamine-3-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2417
ポリマ－74,0552
非ポリマー1865
水2,918162
1
A: Putative fructosamine-3-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1524
ポリマ－37,0271
非ポリマー1243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative fructosamine-3-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0903
ポリマ－37,0271
非ポリマー622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.308, 85.627, 99.009
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 132.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNTYRTYR4AA-5 - 26914 - 288
21ASNASNTYRTYR4BB-5 - 26914 - 288
12TYRTYRSERSER6AA270 - 275289 - 294
22TYRTYRSERSER6BB270 - 275289 - 294
13TYRTYRHISHIS4AA276 - 289295 - 308
23TYRTYRHISHIS4BB276 - 289295 - 308

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要素

#1: タンパク質 Putative fructosamine-3-kinase


分子量: 37027.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus somnus 129PT (バクテリア)
株: 129Pt / 遺伝子: HS_0843, YP_719053.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q0I3M3
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY THE ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0, Additive: 0.001 M Adenosine 5'-[gamma-thio]triphosphate, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97936,0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979361
30.979221
反射解像度: 2.32→27.671 Å / Num. obs: 36282 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.514 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 5.93
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.32-2.40.5461.613119667396.3
2.4-2.50.4761.914135720796.4
2.5-2.610.4072.213209671496.1
2.61-2.750.3132.813901707696.8
2.75-2.920.2553.313506687696.8
2.92-3.150.1734.813957709696.9
3.15-3.460.1176.813454684197
3.46-3.960.0729.913858704897.2
3.96-4.980.05512.513847703897.8
4.980.05213.413788702495.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.32→27.671 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 15.419 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.221
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ETHYLENE GLYCRL (EDO) USED AS CRYOPROTECTANT WAS MODELED INTO THE STRUCTURE. 4. UNKNOWN LIGANDS (UNL) WERE MODELED INTO THE PUTATIVE ACTIVE SITES ON BOTH SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. 5. TLS PARAMETERS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF THE TLS MOTION SERVER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1813 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 36280 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.17 Å2 / Biso mean: 26.01 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å20 Å2-1.64 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→27.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4897 0 32 162 5091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9346871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0138225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2545607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.36124.769260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.24415836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2281516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.97922970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.17721199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9644799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24162083
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.58182063
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
3903MEDIUM POSITIONAL0.230.5
63LOOSE POSITIONAL1.165
3903MEDIUM THERMAL0.512
63LOOSE THERMAL0.6110
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 124 -
Rwork0.276 2566 -
all-2690 -
obs--99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5562-0.07720.20420.5895-0.14510.47030.01480.0708-0.0216-0.0664-0.0161-0.0220.05790.04710.00140.1478-0.00290.01280.1425-0.01250.13347.007439.14938.3679
20.490.16150.24830.53840.06820.5336-0.0003-0.04260.05860.018-0.01470.063-0.0282-0.06840.01510.12110.01230.01260.12880.00240.135977.170120.233849.1759
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2B-5 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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