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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ja4 | ||||||
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タイトル | RNA-dependent RNA polymerases of transcribing cypoviruses | ||||||
![]() | RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / RNA-dependent RNA polymerases / transcribing cypoviruses / icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding / RNA-dependent RNA polymerase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
![]() | Liu, H. / Cheng, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM shows the polymerase structures and a nonspooled genome within a dsRNA virus. 著者: Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / ![]() 要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess a segmented dsRNA genome and a number of RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) enclosed in a capsid. Until now, the precise structures of genomes and RdRps ...Double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess a segmented dsRNA genome and a number of RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) enclosed in a capsid. Until now, the precise structures of genomes and RdRps within the capsids have been unknown. Here we report the structures of RdRps and associated RNAs within nontranscribing and transcribing cypoviruses (NCPV and TCPV, respectively), using a combination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) and a symmetry-mismatch reconstruction method. The RdRps and associated RNAs appear to exhibit a pseudo-D3 symmetric organization in both NCPV and TCPV. However, the molecular interactions between RdRps and the genomic RNA were found to differ in these states. Our work provides insight into the mechanisms of the replication and transcription in dsRNA viruses and paves a way for structural determination of lower-symmetry complexes enclosed in higher-symmetry structures. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 815.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 815.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6321MC ![]() 6322C ![]() 3ja5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6
2 |
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3 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: D3 (2回x3回 2面回転対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138830.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: transcribing cypoviruses / タイプ: VIRUS |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年10月10日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1 nm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
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解析
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
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3次元再構成 | 手法: Symmetry-mismatch reconstruction of icosahedral virus 解像度: 4.8 Å / 粒子像の数: 36000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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