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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j9z | ||||||
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タイトル | Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 70S ribosome / elongation factor G / EF-G | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding ...ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / translational initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Li, W. / Liu, Z. / Koripella, R.K. / Langlois, R. / Sanyal, S. / Frank, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015 タイトル: Activation of GTP hydrolysis in mRNA-tRNA translocation by elongation factor G. 著者: Wen Li / Zheng Liu / Ravi Kiran Koripella / Robert Langlois / Suparna Sanyal / Joachim Frank / 要旨: During protein synthesis, elongation of the polypeptide chain by each amino acid is followed by a translocation step in which mRNA and transfer RNA (tRNA) are advanced by one codon. This crucial step ...During protein synthesis, elongation of the polypeptide chain by each amino acid is followed by a translocation step in which mRNA and transfer RNA (tRNA) are advanced by one codon. This crucial step is catalyzed by elongation factor G (EF-G), a guanosine triphosphatase (GTPase), and accompanied by a rotation between the two ribosomal subunits. A mutant of EF-G, H91A, renders the factor impaired in guanosine triphosphate (GTP) hydrolysis and thereby stabilizes it on the ribosome. We use cryogenic electron microscopy (cryo-EM) at near-atomic resolution to investigate two complexes formed by EF-G H91A in its GTP state with the ribosome, distinguished by the presence or absence of the intersubunit rotation. Comparison of these two structures argues in favor of a direct role of the conserved histidine in the switch II loop of EF-G in GTPase activation, and explains why GTP hydrolysis cannot proceed with EF-G bound to the unrotated form of the ribosome. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j9z.cif.gz | 3.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j9z.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 3j9z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j9z_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j9z_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3j9z_validation.xml.gz | 305.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j9z_validation.cif.gz | 502.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/3j9z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 SAS6S7LALB
#1: RNA鎖 | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 83754040 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24786.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 23851.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#25: RNA鎖 | 分子量: 941565.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357927 |
#26: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357928 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 SJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSBSTSUSCSDSESFSGSHSI
#4: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 13739.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#6: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#7: タンパク質 | 分子量: 12997.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#8: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#9: タンパク質 | 分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2 |
#10: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 9593.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#12: タンパク質 | 分子量: 8874.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#13: タンパク質 | 分子量: 10324.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#14: タンパク質 | 分子量: 26650.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
#15: タンパク質 | 分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
#16: タンパク質 | 分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679 |
#17: タンパク質 | 分子量: 25900.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3 |
#18: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#19: タンパク質 | 分子量: 17498.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#20: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#21: タンパク質 | 分子量: 19923.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#22: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#23: タンパク質 | 分子量: 14755.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
+50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 LCLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLDLWLXLYL1L2L3L4L5L6LEL7L8L9LFLGLHLILJLKLZ
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 S1
#24: タンパク質 | 分子量: 77348.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6M8 |
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#59: 化合物 | ChemComp-GTP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
試料 | 濃度: 40 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 93 K / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN / 日付: 2013年8月29日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 55000 X / 倍率(補正後): 58000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 0.1 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 6747 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 and CTFIT | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Relion / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90000 / ピクセルサイズ(公称値): 1.05 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.05 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J0U 3j0u Accession code: 3J0U / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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