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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j6q | ||||||
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タイトル | Identification of the active sites in the methyltransferases of a transcribing dsRNA virus | ||||||
要素 | Structural protein VP3 | ||||||
キーワード | VIRUS / dsRNA virus / Reoviridae / RNA capping / RNA methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / : / Reovirus VP3 protein, guanylyltransferase (GTase) / Reovirus turret protein, bridge domain / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 1 / Reovirus VP3 protein, Methyltransferase domain 2 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, B. / Yang, C. / Liu, H. / Cheng, L. / Song, F. / Zeng, S. / Huang, X. / Ji, G. / Zhu, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2014 タイトル: Identification of the active sites in the methyltransferases of a transcribing dsRNA virus. 著者: Bin Zhu / Chongwen Yang / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / Feng Song / Songjun Zeng / Xiaojun Huang / Gang Ji / Ping Zhu / 要旨: Many double-stranded RNA (dsRNA) viruses are capable of transcribing and capping RNA within a stable icosahedral viral capsid. The turret of turreted dsRNA viruses belonging to the family Reoviridae ...Many double-stranded RNA (dsRNA) viruses are capable of transcribing and capping RNA within a stable icosahedral viral capsid. The turret of turreted dsRNA viruses belonging to the family Reoviridae is formed by five copies of the turret protein, which contains domains with both 7-N-methyltransferase and 2'-O-methyltransferase activities, and serves to catalyze the methylation reactions during RNA capping. Cypovirus of the family Reoviridae provides a good model system for studying the methylation reactions in dsRNA viruses. Here, we present the structure of a transcribing cypovirus to a resolution of ~3.8Å by cryo-electron microscopy. The binding sites for both S-adenosyl-L-methionine and RNA in the two methyltransferases of the turret were identified. Structural analysis of the turret in complex with RNA revealed a pathway through which the RNA molecule reaches the active sites of the two methyltransferases before it is released into the cytoplasm. The pathway shows that RNA capping reactions occur in the active sites of different turret protein monomers, suggesting that RNA capping requires concerted efforts by at least three turret protein monomers. Thus, the turret structure provides novel insights into the precise mechanisms of RNA methylation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j6q.cif.gz | 903.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j6q.ent.gz | 739.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j6q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j6q_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j6q_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3j6q_validation.xml.gz | 157.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j6q_validation.cif.gz | 217.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120489.984 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q914N6 #2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: transcribing cypovirus / タイプ: VIRUS |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年10月10日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 125390 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EMAN | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Cross-common lines / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30000 / 詳細: Applied symmetry: C1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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