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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j6b | |||||||||
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タイトル | Structure of the yeast mitochondrial large ribosomal subunit | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitochondrial ribosome / large subunit / protein-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mitochondrial DNA replication / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / Mitochondrial protein degradation / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / cell redox homeostasis ...positive regulation of mitochondrial DNA replication / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / DNA strand exchange activity / mitochondrial genome maintenance / Mitochondrial protein degradation / ribonuclease III activity / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial translation / RNA processing / cell redox homeostasis / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / DNA recombination / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Amunts, A. / Brown, A. / Bai, X.C. / Llacer, J.L. / Hussain, T. / Emsley, P. / Long, F. / Murshudov, G. / Scheres, S.H.W. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2014 タイトル: Structure of the yeast mitochondrial large ribosomal subunit. 著者: Alexey Amunts / Alan Brown / Xiao-Chen Bai / Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Paul Emsley / Fei Long / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan / 要旨: Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single- ...Mitochondria have specialized ribosomes that have diverged from their bacterial and cytoplasmic counterparts. We have solved the structure of the yeast mitoribosomal large subunit using single-particle cryo-electron microscopy. The resolution of 3.2 angstroms enabled a nearly complete atomic model to be built de novo and refined, including 39 proteins, 13 of which are unique to mitochondria, as well as expansion segments of mitoribosomal RNA. The structure reveals a new exit tunnel path and architecture, unique elements of the E site, and a putative membrane docking site. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j6b.cif.gz | 4.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j6b.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 3j6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j6b_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j6b_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3j6b_validation.xml.gz | 202.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j6b_validation.cif.gz | 346.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/3j6b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 Ae
#1: RNA鎖 | 分子量: 1057805.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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#41: RNA鎖 | 分子量: 6451.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
+54S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXY012345...
-タンパク質 , 2種, 2分子 Zd
#26: タンパク質 | 分子量: 13276.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53921 |
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#40: タンパク質 | 分子量: 26937.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06630 |
-非ポリマー , 3種, 113分子
#42: 化合物 | ChemComp-MG / #43: 化合物 | ChemComp-NA / | #44: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast Mitochondrial Large Ribosomal Subunit / タイプ: RIBOSOME |
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分子量 | 値: 1.9 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | 名称: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM potassium chloride, 20 mM magnesium acetate, 2 mM DTT |
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: glow-discharged holey carbon grids (Quantifoil R2/2) with home-made continuous carbon film |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 % 詳細: Blot 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II) 手法: Blot 2.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年5月25日 詳細: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: 85 K / 最高温度: 90 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1030 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0067 2014/01/21 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk 解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47124 / ピクセルサイズ(公称値): 1.34 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.34 Å 詳細: A newly developed statistical movie processing approach was used to compensate for beam-induced movement. Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.2→262.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / SU B: 16.551 / SU ML: 0.26 / Average fsc overall: 0.8808 / Average fsc work: 0.8808 / ESU R: 0.372 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.596 Å2
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拘束条件 |
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