[日本語] English
万見
- PDB-3ixp: Crystal structure of the ecdysone receptor bound to BYI08346 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ixp
タイトルCrystal structure of the ecdysone receptor bound to BYI08346
要素
  • Ecdysone receptor
  • Gene regulation protein
キーワードTRANSCRIPTION / anti-parallel alpha-helices / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-834 / Chem-EPH / 20-hydroxy-ecdysone receptor / Gene regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾)
Helicoverpa armigera (オオタバコガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Moras, D. / Billas, I.M.L. / Browning, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Adaptability of the ecdysone receptor bound to synthetic ligands
著者: Moras, D. / Billas, I.M.L. / Browning, C.
履歴
登録2009年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gene regulation protein
D: Ecdysone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2944
ポリマ－60,1582
非ポリマー1,1362
水84747
1
A: Gene regulation protein
D: Ecdysone receptor
ヘテロ分子

A: Gene regulation protein
D: Ecdysone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5888
ポリマ－120,3174
非ポリマー2,2724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area6630 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area40120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.875, 147.875, 59.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 Gene regulation protein


分子量: 29951.760 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 3-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / 遺伝子: ecr / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SIF6
#2: タンパク質 Ecdysone receptor


分子量: 30206.619 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 285-532 / Mutation: W303Y,A361S,L456S,C483S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicoverpa armigera (オオタバコガ)
遺伝子: usp / プラスミド: pACYC11b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9UCQ4
#3: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-834 / N-[2-(2-chlorophenyl)-4-methyl-5-(1-methylethyl)-1H-imidazol-1-yl]-5-methyl-2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-6-carboxamide / N-(2-(2-chlorophenyl)-5-isopropyl-4-methyl-1H-imidazol-1-yl)-5-methyl-2,3-dihyrobenzo[b][1,4]dioxine-6-carboxamide


分子量: 425.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24ClN3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1000, PEG 8000, MgCl2 , Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 17811 / Num. obs: 17801 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 75.2 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 39.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R20

1r20


解像度: 2.85→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1753 9.8 %Random
Rwork0.221 ---
obs-17800 100 %-
溶媒の処理Bsol: 32.532 Å2
原子変位パラメータBiso max: 100.54 Å2 / Biso mean: 52.164 Å2 / Biso min: 17.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.622 Å2-8.49 Å20 Å2
2--4.622 Å20 Å2
3----9.244 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3685 0 79 47 3811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.342
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2EPH_8346.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る