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万見
- PDB-3ix1: Periplasmic N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ix1
タイトルPeriplasmic N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from Bacillus halodurans
要素N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Periplasmic N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein / Thiamine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NMT1/THI5 family / SsuA/THI5-like / NMT1/THI5 like / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NFM / Formylaminopyrimidine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bale, S. / Rajashankar, K.R. / Perry, K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
著者: Bale, S. / Rajashankar, K.R. / Perry, K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein
B: N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9444
ポリマ－66,6122
非ポリマー3322
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4722
ポリマ－33,3061
非ポリマー1661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4722
ポリマ－33,3061
非ポリマー1661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.918, 96.953, 104.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein / Thiamine biosynthesis protein


分子量: 33305.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
株: C-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / 遺伝子: BH2682 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9K9G5
#2: 化合物 ChemComp-NFM / N-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]formamide / 2-メチル-5-(ホルミルアミノメチル)ピリミジン-4-アミン


分子量: 166.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 3.0 M NaCl, 100 mM Sodium acetate, 100 mM Li2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 38830 / Num. obs: 23837 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rsym value: 0.192 / Χ2: 1.205 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2120 / Rsym value: 0.422 / Χ2: 0.699 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→35.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 28822 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3712 9.6 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.203 23837 --
obs0.203 23837 92.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.202 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.01 Å2 / Biso mean: 21.791 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.54 Å20 Å20 Å2
2--14.13 Å20 Å2
3----6.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4648 0 24 259 4931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 462 9.4 %
Rwork0.277 4462 -
all-4924 -
obs-2120 64 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2nfp.paramnfp.top
X-RAY DIFFRACTION3water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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