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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iwi | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of the extended-spectrum AmpC omega loop insertion (H210AAA) mutant beta-lactamase at 1.64 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / serine hydrolase / beta-lactamase / cephalosporinase / extended-spectrum antibiotic resistance / Antibiotic resistance / Periplasm | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Shoichet, B.K. / Thomas, V.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Structural bases for stability-function tradeoffs in antibiotic resistance. 著者: Thomas, V.L. / McReynolds, A.C. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iwi.cif.gz | 170.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iwi.ent.gz | 133.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iwi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/3iwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/3iwi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39801.156 Da / 分子数: 2 / 変異: H210AAA insertion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.7M KPi, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→88.161 Å / Num. all: 97371 / Num. obs: 97338 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1KE4 解像度: 1.64→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 1.522 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.393 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.64→1.682 Å / Total num. of bins used: 20
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